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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mc2 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / quadruplex / fold-back / hexad / non-canonical | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Chu, B. / Paukstelis, P.J. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. 著者: Chu, B. / Zhang, D. / Hwang, W. / Paukstelis, P.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2780.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM magnesium chloride, 6 mM hexamminecobalt(III) chloride, 30 mM sodium cacodylate, equilibrated against 20% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→23.48 Å / Num. obs: 19770 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Num. unique obs: 1947 / Rpim(I) all: 0.16 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.177 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.05→23.48 Å
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拘束条件 |
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