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万見
- PDB-6mb6: AAC-IIIb binary with CoASH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mb6
タイトルAAC-IIIb binary with CoASH
要素Aac(3)-IIIb protein
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / promiscuity / GNAT / antibiotic resistance
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / COENZYME A / MALONATE ION / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Kumar, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Encoding of Promiscuity in an Aminoglycoside Acetyltransferase.
著者: Kumar, P. / Selvaraj, B. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aac(3)-IIIb protein
B: Aac(3)-IIIb protein
C: Aac(3)-IIIb protein
D: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8148
ポリマ－116,0754
非ポリマー1,7394
水10,809600
1
A: Aac(3)-IIIb protein
C: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5734
ポリマ－58,0382
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aac(3)-IIIb protein
D: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2424
ポリマ－58,0382
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area41200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.797, 80.741, 103.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...
21(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...
31(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...
41(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHETHRTHR(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA8 - 558 - 55
12GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA57 - 9557 - 95
13ARGARGLEULEU(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA97 - 1497 - 14
14SERSERPROPRO(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA7 - 2747 - 274
15GLUGLUARGARG(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA194 - 206194 - 206
16ILEILEGLYGLY(chain A and (resid 8 through 55 or resid 57...AA208 - 270208 - 270
21PHEPHETHRTHR(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB8 - 558 - 55
22GLYGLYPROPRO(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB57 - 9557 - 95
23ARGARGLEULEU(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB97 - 1497 - 14
24SERSERGLYGLY(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB7 - 2707 - 270
25GLUGLUARGARG(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB194 - 206194 - 206
26ILEILEGLYGLY(chain B and (resid 8 through 55 or resid 57...BB208 - 270208 - 270
31PHEPHETHRTHR(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC8 - 558 - 55
32GLYGLYPROPRO(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC57 - 9557 - 95
33ARGARGLEULEU(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC97 - 1497 - 14
34PHEPHEPROPRO(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC8 - 2728 - 272
35GLUGLUARGARG(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC194 - 206194 - 206
36ILEILEGLYGLY(chain C and (resid 8 through 55 or resid 57...CC208 - 270208 - 270
41PHEPHETHRTHR(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD8 - 558 - 55
42GLYGLYPROPRO(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD57 - 9557 - 95
43ARGARGLEULEU(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD97 - 1497 - 14
44SERSERGLYGLY(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD7 - 2707 - 270
45GLUGLUARGARG(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD194 - 206194 - 206
46ILEILEGLYGLY(chain D and (resid 8 through 55 or resid 57...DD208 - 270208 - 270

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要素

#1: タンパク質
Aac(3)-IIIb protein


分子量: 29018.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-IIIb / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q51405
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細see NCBI Reference Sequence: WP_088170001.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 3.0M sodium formate, 10-20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 58550 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 30.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.487 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 167223
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.332.60.67156231.894190.6
2.33-2.422.70.52857521.645192.5
2.42-2.532.70.44357261.657192.1
2.53-2.672.70.33857191.676192.4
2.67-2.832.80.27257511.676192.3
2.83-3.052.90.1858111.628193
3.05-3.3630.10559191.436194.8
3.36-3.852.90.07359821.541195.9
3.85-4.843.10.04961351.149197.6
4.84-103.10.03661320.885195.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.25→39.753 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2886 4.93 %
Rwork0.2061 --
obs0.208 58526 93.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.34 Å2 / Biso mean: 36.7542 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7967 0 110 600 8677
Biso mean--49.88 36.54 -
残基数----1061
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4649X-RAY DIFFRACTION11.294TORSIONAL
12B4649X-RAY DIFFRACTION11.294TORSIONAL
13C4649X-RAY DIFFRACTION11.294TORSIONAL
14D4649X-RAY DIFFRACTION11.294TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.28450.44361190.42238785
2.2845-2.32390.33341390.3036260992
2.3239-2.36610.311380.2836257592
2.3661-2.41160.32311370.2784260992
2.4116-2.46090.27751330.2664261792
2.4609-2.51440.3311370.2623256792
2.5144-2.57280.2821420.2527261793
2.5728-2.63720.30191310.2528261592
2.6372-2.70850.3241330.2608257591
2.7085-2.78810.30881170.2595262392
2.7881-2.87810.30641410.2412260293
2.8781-2.98090.27061420.2367264093
2.9809-3.10020.25141390.2244264194
3.1002-3.24130.24531270.2062269095
3.2413-3.41210.26451520.2002269296
3.4121-3.62570.23331510.186274797
3.6257-3.90540.23031210.1848270895
3.9054-4.2980.20371360.1601279898
4.298-4.9190.17361530.1423278998
4.919-6.19360.21161590.1607275797
6.1936-39.7530.17231390.1665278295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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