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- PDB-3irh: Structure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3irh | ||||||
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Title | Structure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed with dGTP and dATP | ||||||
![]() | HD domain protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / HD Domain / Phosphohydrolase / dNTPase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / unknown function | ||||||
Function / homology | ![]() dGTPase activity / dGTP catabolic process / regulation of innate immune response / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Characterization of the deoxynucleotide triphosphate triphosphohydrolase (dNTPase) activity of the EF1143 protein from Enterococcus faecalis and crystal structure of the activator-substrate complex. Authors: Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 382.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 311.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 67.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2o6iSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Details | authors state that chains A, B, C and D form a tetramer |
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Components
#1: Protein | Mass: 55886.008 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-DGT / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 7.5 Details: 0.2 M Sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane pH 7.5, 20 % w/v Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2008 / Details: BERYLLIUM LENSES/DIAMOND LAUE MONO |
Radiation | Monochromator: DIAMOND [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→30 Å / Num. obs: 75951 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 2O6I Resolution: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 17.65 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.278 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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