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万見
- PDB-6m80: Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m80
タイトルCollagen peptide containing aza-proline and aza-glycine
要素Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen / aza-peptide / synthetic / helix
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Chenoweth, D.M. / Kasznel, A.J. / Porter, N.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MRSEC DMR-1720530 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Aza-proline effectively mimics l-proline stereochemistry in triple helical collagen.
著者: Kasznel, A.J. / Harris, T. / Porter, N.J. / Zhang, Y. / Chenoweth, D.M.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine
D: Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine
E: Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7595
ポリマ－6,6013
非ポリマー1582
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.538, 18.175, 48.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen peptide containing aza-proline and aza-glycine


分子量: 2200.330 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Homotrimeric triple helical collagen peptide synthesized on solid phase. Each strand contains 24 amino acids.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.01 M Li2SO4 monohydrate, 30% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→48.81 Å / Num. obs: 19847 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.84 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.03126 / Rpim(I) all: 0.03126 / Rrim(I) all: 0.04421 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 1.1→1.139 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4266 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1999 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.4266 / Rrim(I) all: 0.6033 / % possible all: 98.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
pointless1.10.29データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K86

5k86


解像度: 1.1→48.807 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1443 917 4.63 %
Rwork0.1172 --
obs0.1186 19818 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→48.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数468 0 9 165 642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.964719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.412190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.04396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.1580.25981440.2362665X-RAY DIFFRACTION99
1.158-1.23060.20881240.18252676X-RAY DIFFRACTION99
1.2306-1.32560.2041140.15752696X-RAY DIFFRACTION98
1.3256-1.4590.1681260.11072684X-RAY DIFFRACTION99
1.459-1.67010.15241130.10492702X-RAY DIFFRACTION99
1.6701-2.10420.12571320.0992720X-RAY DIFFRACTION99
2.1042-48.85480.12531640.10732758X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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