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万見
- PDB-4z1r: Crystal structure of collagen-like peptide at 1.27 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1r
タイトルCrystal structure of collagen-like peptide at 1.27 Angstrom resolution
要素Collagen-like peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Collagen / triple helix
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Plonska-Brzezinska, M.E. / Czyrko, J. / Brus, D.M. / Imierska, M. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre2011/01/B/ST5/06051 ポーランド
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2015
タイトル: Triple helical collagen-like peptide interactions with selected polyphenolic compounds.
著者: Plonska-Brzezinska, M.E. / Bobrowska, D.M. / Sharma, A. / Rodziewicz, P. / Tomczyk, M. / Czyrko, J. / Brzezinski, K.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen-like peptide
B: Collagen-like peptide
C: Collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1153
ポリマ－8,1153
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.573, 13.939, 24.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen-like peptide


分子量: 2704.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 400, 5% acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection数: 60616 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.96 / D res high: 1.27 Å / Num. obs: 16057 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
3.793066310.035
2.693.79113210.039
2.22.69145310.042
1.92.2168710.045
1.71.9191510.057
1.551.7207210.07
1.441.55229010.098
1.351.44245810.113
1.271.35238710.148
反射解像度: 1.27→30 Å / Num. obs: 16057 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11.523 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 17.15 / Num. measured all: 60616
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.27-1.350.9710.1488.017627254723870.17993.7
1.35-1.440.9950.11311.119656246424580.1399.8
1.44-1.550.9910.09812.639009229122900.113100
1.55-1.70.9950.0716.758162207820720.0899.7
1.7-1.90.9970.05719.427582192019150.06599.7
1.9-2.20.9970.04524.376510168916870.05199.9
2.2-2.690.9980.04225.935518145714530.04899.7
2.69-3.790.9970.03927.74285114211320.04599.1
3.79-300.9970.03527.2222676966630.04195.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CAG

1cag


解像度: 1.27→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.402 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1713 1044 6.5 %RANDOM
Rwork0.1374 ---
obs0.1396 15012 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 37.07 Å2 / Biso mean: 8.171 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å20.17 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数491 0 0 188 679
Biso mean---12.94 -
残基数----78
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.018548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0312.377807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09631069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.881577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.032516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1050.641312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0950.636311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2580.942387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.3263979
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.85558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.14351109
LS精密化 シェル解像度: 1.269→1.302 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 68 -
Rwork0.137 977 -
all-1045 -
obs--89.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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