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- PDB-3u29: Crystal Structure of a KGD Collagen Mimetic Peptide at 2.0 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u29
タイトルCrystal Structure of a KGD Collagen Mimetic Peptide at 2.0 A
要素collagen mimetic peptide
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / collagen mimetic peptide / Triple Helix
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fallas, J.A. / Dong, J. / Miller, M.D. / Tao, Y.J. / Hartgerink, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-0645474 米国
Robert A. Welch FoundationC1557 米国
Robert A. Welch FoundationC1565 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into charge pair interactions in triple helical collagen-like proteins.
著者: Fallas, J.A. / Dong, J. / Tao, Y.J. / Hartgerink, J.D.
#1: ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2020
タイトル: Covalent Capture of Collagen Triple Helices Using Lysine-Aspartate and Lysine-Glutamate Pairs.
著者: Hulgan, S.A.H. / Jalan, A.A. / Li, I.C. / Walker, D.R. / Miller, M.D. / Kosgei, A.J. / Xu, W. / Phillips, G.N. / Hartgerink, J.D.
履歴
登録2011年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 2.02020年9月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / audit_author / chem_comp / citation / citation_author / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conn / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct.title / _struct_keywords.text / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Model completeness
詳細: correctly model the N-Terminal Acetylation and C-Terminal Amidation, reposition in cell and rename chain ids to be similar to that of 3t4f model
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: collagen mimetic peptide
B: collagen mimetic peptide
C: collagen mimetic peptide
D: collagen mimetic peptide
E: collagen mimetic peptide
F: collagen mimetic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2866
ポリマ－13,2866
非ポリマー00
水4,089227
1
A: collagen mimetic peptide
B: collagen mimetic peptide
C: collagen mimetic peptide


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The assignment of a trimer is supported by gel filtration. The formation of a homertrimeric helix is also supported by Circular Dichroism melting temperature assay and NMR analysis
  • 6.64 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6433
ポリマ－6,6433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: collagen mimetic peptide
E: collagen mimetic peptide
F: collagen mimetic peptide


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The assignment of a trimer is supported by gel filtration. The formation of a homertrimeric helix is also supported by Circular Dichroism melting temperature assay and NMR analysis
  • 6.64 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6433
ポリマ－6,6433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)14.220, 23.247, 67.536
Angle α, β, γ (deg.)94.270, 94.740, 93.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
collagen mimetic peptide


分子量: 2214.349 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fmoc Solid Phase Peptide Chemistry with N-Terminal Acetylation and C-Terminal Amidation
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.99 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Tacsimate buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月28日
放射モノクロメーター: Osmic multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 4448 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Num. unique obs: 322 / % possible all: 76.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrystalClearデータ収集
EPMR位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3t4f

3t4f


解像度: 2→23.13 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 10.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1916 228 5.13 %RANDOM
Rwork0.1207 4214 --
obs0.1243 4442 76.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 34.08 Å2 / Biso mean: 11.0855 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→23.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数948 0 0 229 1177
Biso mean---12.34 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05431482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3217396
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.520.24421060.10662086219276
2.52-23.130.16321220.132128225077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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