+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m64 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of SMAD2 in complex with CBP | ||||||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / TGF-beta / Complex / Transcription factor | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation ...zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation / co-SMAD binding / heteromeric SMAD protein complex / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / odontoblast differentiation / secondary palate development / pericardium development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / embryonic foregut morphogenesis / peptide lactyltransferase activity / transforming growth factor beta receptor binding / primary miRNA processing / Germ layer formation at gastrulation / pulmonary valve morphogenesis / type I transforming growth factor beta receptor binding / Formation of definitive endoderm / activin receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / Signaling by Activin / SMAD protein signal transduction / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Formation of axial mesoderm / positive regulation of BMP signaling pathway / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Signaling by NODAL / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / response to cholesterol / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / I-SMAD binding / aortic valve morphogenesis / pancreas development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / insulin secretion / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / anterior/posterior pattern specification / ureteric bud development / endocardial cushion morphogenesis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / organ growth / embryonic digit morphogenesis / adrenal gland development / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / non-canonical NF-kappaB signal transduction / Zygotic genome activation (ZGA) / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / R-SMAD binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / cellular response to nutrient levels / mesoderm formation / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase complex / anatomical structure morphogenesis / phosphatase binding / Attenuation phase / cell fate commitment / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of cellular response to heat Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||||||||
Authors | Miyazono, K. / Ito, T. / Wada, H. / Tanokura, M. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Sci.Signal. / Year: 2020 Title: Structural basis for transcriptional coactivator recognition by SMAD2 in TGF-beta signaling. Authors: Miyazono, K.I. / Ito, T. / Fukatsu, Y. / Wada, H. / Kurisaki, A. / Tanokura, M. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6m64.cif.gz | 287.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6m64.ent.gz | 231.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6m64.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m64 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7co1C 5zojS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23481.596 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SMAD2, MADH2, MADR2 / Plasmid: pET48 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q15796 #2: Protein/peptide | Mass: 3121.352 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pET48 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q92793*PLUS #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.2, 0.2 M NaCl and 31% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→47.14 Å / Num. obs: 142487 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.019 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 24.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6970 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.412 / Rsym value: 0.988 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZOJ Resolution: 1.45→36.673 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.45 / Phase error: 19.51
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→36.673 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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