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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4exw | |||||||||
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タイトル | The structure of DdrB from Deinococcus: a new fold for single-stranded DNA binding proteins. | |||||||||
要素 | Single-stranded DNA-binding protein DdrB | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Anti-parallel beta-barrel / pentamer / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA annealing | |||||||||
機能・相同性 | Single-stranded DNA binding protein DdrB-like / DdrB-like protein / single-stranded DNA binding / DNA修復 / Single-stranded DNA-binding protein DdrB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sugiman-Marangos, S. / Junop, M.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010 タイトル: The structure of DdrB from Deinococcus: a new fold for single-stranded DNA binding proteins. 著者: Sugiman-Marangos, S. / Junop, M.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4exw.cif.gz | 250.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4exw.ent.gz | 211.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4exw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20637.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア) 株: DSM11300 / 遺伝子: ddrB, Dgeo_0295 / プラスミド: pET151-D-topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1J1N6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate anhydrous, 2.45 M Ammonium sulfate, 0.01 M Praseodymium(III) acetate hydrate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111)crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 28588 / Num. obs: 27742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 89.787 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 6.67 / Num. unique all: 1590 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→35.235 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.236 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.235 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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