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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m5w | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of human serine hydroxymethyltransferase 1 in complex with Pyridoxal 5'-phosphate (PLP) and glycodeoxycholic acid | ||||||
![]() | Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to tetrahydrofolate / Carnitine synthesis / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / Metabolism of folate and pterines ...cellular response to tetrahydrofolate / Carnitine synthesis / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / Metabolism of folate and pterines / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / small molecule binding / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / negative regulation of translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ota, T. / Senoo, A. / Ito, S. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Sando, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for selective inhibition of human serine hydroxymethyltransferase by secondary bile acid conjugate. 著者: Ota, T. / Senoo, A. / Shirakawa, M. / Nonaka, H. / Saito, Y. / Ito, S. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Sando, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 989.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1011.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55323.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 化合物 | ChemComp-DXC / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-GLY / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, and 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→46.68 Å / Num. obs: 55751 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.826 % / Biso Wilson estimate: 71.594 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.526 / Rrim(I) all: 0.55 / Χ2: 0.726 / Net I/σ(I): 7.31 / Num. measured all: 659305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BJ4 解像度: 3.1→46.68 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.76 Å2 / Biso mean: 33.0796 Å2 / Biso min: 6.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→46.68 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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