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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m54 | |||||||||||||||
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タイトル | Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film | |||||||||||||||
![]() | Ferritin heavy chain | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Apoferritin heavy chain / Homo sapiens / METAL TRANSPORT | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||||||||
![]() | Huang, X. / Zhang, L. / Wen, Z. / Chen, H. / Li, S. / Ji, G. / Yin, C. / Sun, F. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Amorphous nickel titanium alloy film: A new choice for cryo electron microscopy sample preparation. 著者: Xiaojun Huang / Lei Zhang / Zuoling Wen / Hui Chen / Shuoguo Li / Gang Ji / Chang-Cheng Yin / Fei Sun / ![]() 要旨: Cryo-electron microscopy (cryoEM) has become one of the most important approach for structural biology. However, barriers are still there for an increased successful rate, a better resolution and ...Cryo-electron microscopy (cryoEM) has become one of the most important approach for structural biology. However, barriers are still there for an increased successful rate, a better resolution and improved efficiency from sample preparation, data collection to image processing. CryoEM sample preparation is one of the bottlenecks with many efforts made recently, including the optimization of supporting substrate (e.g. ultra-thin carbon, graphene, pure gold, 2d crystal of streptavidin, and affinity modification), which was aimed to solve air-water interface problem, or reduce beam induced motion (BIM), or change particle distribution in the grid hole. Here, we report another effort of developing a new supporting substrate, the amorphous nickel-titanium alloy (ANTA) film, for cryoEM sample preparation as a layer of holey supporting film covering on TEM grid. Our investigations showed advantages of ANTA film in comparison with conventional carbon film, including much better electron conductivity and trace non-specific interaction with protein. These advantages yield less BIM and significantly improved particle distribution during cryoEM experiment of human apo-ferritn, thus resulting an improved reconstruction resolution from a reduced number of micrographs and particles. Unlike the pure gold film, the usage of the ANTA film is just same with the carbon film, compatible to conventional automatic cryoEM data collection procedure. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 835.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 591.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 833 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 840.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 94.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 142.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 30084MC ![]() 6m52C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 134.5 Data #1: Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21255.656 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: apoferritin heavy chain, 24 homologous polymer / タイプ: COMPLEX 詳細: frozen on TEM grid with amorphous nickel titanium alloy supporting film Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.44 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549 / 分類: 精密化 / Contact author: Paul D. Adams / Contact author email: pdadams[at]lbl.gov / 言語: Python/C++ / URL: https://www.phenix-online.org/ / タイプ: program | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: SerialEM / バージョン: 3.6 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91537 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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