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- PDB-6m3y: Crystal structure of pilus adhesin, SpaC from Lactobacillus rhamn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m3y
タイトルCrystal structure of pilus adhesin, SpaC from Lactobacillus rhamnosus GG - open conformation
要素Pilus assembly protein
キーワードCELL ADHESION / Pilus adhesin / Tip pilin / vWFA domain / SpaCBA pilus / sortase / Lactobacillus rhamnosus GG / Pili / Fimbria / Probiotics / SpaC / lectin / surface protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pilus assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Kant, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5891/BRB/10/1098/2012 インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of lactobacillar SpaC reveals an atypical five-domain pilus tip adhesin: Exposing its substrate-binding and assembly in SpaCBA pili.
著者: Kant, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22021年9月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilus assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2442
ポリマ－89,2201
非ポリマー241
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.045, 110.023, 128.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pilus assembly protein


分子量: 89219.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
遺伝子: CCE29_04955 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A1Y0DVK9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium sulphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→83.531 Å / Num. obs: 52205 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.93→2.042 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2611 / CC1/2: 0.732 / Rpim(I) all: 0.352

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→83.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.771 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24757 2597 5 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
obs0.2086 49612 59.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→83.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6179 0 1 99 6279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.8668598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0262.9312917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5865808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83726.376298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.547151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8231516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6272.133241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6272.133240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5463.1894046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5463.1894047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1342.2813086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1342.2813084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2843.3484552
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.74124.5176602
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.74124.5116600
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.976 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 39 -
Rwork0.336 920 -
obs--14.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.082-0.222-0.98331.28610.43532.460.0742-0.12170.13350.1716-0.0458-0.21170.08270.1355-0.02840.1486-0.0409-0.0230.02320.00050.163935.7390.005-10.074
22.10990.44540.22521.91910.99893.2734-0.00990.07260.0154-0.0357-0.04280.03920.135-0.09290.05260.0189-0.0048-0.01850.00660.00350.056422.86714.38536.882
33.12640.1863.09810.66220.09086.7424-0.0084-0.05060.27350.02-0.05010.0228-0.1491-0.08210.05840.1510.0363-0.06240.0867-0.030.243544.20920.72774.974
43.4570.20060.07263.5704-0.95143.51130.2424-0.0489-0.4610.1342-0.0643-0.20570.4730.2016-0.17810.12680.0436-0.08780.027-0.01090.19168.71811.74697.742
51.5901-0.3119-0.71421.02411.00464.9628-0.01170.37420.2038-0.2914-0.010.1981-0.3426-0.28170.02170.30160.0098-0.06970.24550.07120.297679.6037.825139.347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A129 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 128
3X-RAY DIFFRACTION2A386 - 493
4X-RAY DIFFRACTION3A494 - 597
5X-RAY DIFFRACTION4A598 - 731
6X-RAY DIFFRACTION5A732 - 857

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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