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- PDB-1m5k: Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5k
タイトルCrystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation
要素
  • PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
  • RNA HAIRPIN RIBOZYME
  • RNA INHIBITOR SUBSTRATE
キーワードTRANSLATION/RNA / HAIRPIN RIBOZYME / CATALYTIC RNA / U1A RNA BINDING PROTEIN DOCKED CONFORMATION / SUBSTRATE INHIBITOR STRAND / TRANSLATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Transition state stabilization by a catalytic RNA
著者: Rupert, P.B. / Massey, A.P. / Sigurdsson, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a hairpin ribozyme-inhibitor complex with implications for catalysis
著者: Rupert, P.B. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年8月2日ID: 1HP6
改定 1.02002年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA INHIBITOR SUBSTRATE
B: RNA HAIRPIN RIBOZYME
D: RNA INHIBITOR SUBSTRATE
E: RNA HAIRPIN RIBOZYME
C: PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
F: PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,81041
ポリマ－96,4166
非ポリマー1,39335
水1,856103
1
D: RNA INHIBITOR SUBSTRATE
E: RNA HAIRPIN RIBOZYME
F: PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,92021
ポリマ－48,2083
非ポリマー71218
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
2
A: RNA INHIBITOR SUBSTRATE
B: RNA HAIRPIN RIBOZYME
C: PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,88920
ポリマ－48,2083
非ポリマー68117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.300, 44.100, 102.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.00, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: RNA鎖 RNA INHIBITOR SUBSTRATE


分子量: 6739.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS
#2: RNA鎖 RNA HAIRPIN RIBOZYME


分子量: 29969.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS

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タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A) / U1 snRNP A protein / U1 snRNP-specific protein A


分子量: 11498.472 Da / 分子数: 2 / Fragment: U1A RNA BINDING DOMAIN / Mutation: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CaCl211
2NH4Cl11
3MPD11
4CaCl212
5NH4Cl12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Rupert, P.B., (2001) Nature, 410, 780.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mM1dropMgCl2
220 mM1reservoirCaCl2
32 mM1reservoirNH4VO3
4150-190 mM1reservoirNH4Cl
521 %MPD1reservoir
61

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.07 Å / Num. all: 41156 / Num. obs: 41156 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3147 / % possible all: 73.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 41290 / % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.9 % / Rmerge(I) obs: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→61.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1376780.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Engh & Huber, Parkinson et al.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 4142 10.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.23 41156 95.2 %-
all-41156 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.68 Å2 / ksol: 0.275 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å221.97 Å2
2--3.17 Å20 Å2
3----2.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→61.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 4838 35 103 6474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.043.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.214.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it96
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.567
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 527 9.7 %
Rwork0.376 4927 -
obs--76.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDNA_RNA_NEW.
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REPDWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.41 / Rfactor Rwork: 0.376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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