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万見
- PDB-6m2l: Crystal structure of Plasmodium falciparum hexose transporter PfH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2l
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum hexose transporter PfHT1 bound with C3361
要素Hexose transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS / hexose transporter / inhibitor / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


dehydroascorbic acid transport / D-glucose transmembrane transporter activity / glucose import / membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F00 / Hexose transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jiang, X. / Yuan, Y.Y. / Zhang, S. / Wang, N. / Yan, C.Y. / Yan, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630017 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138009 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Blocking Sugar Uptake into the Malaria Parasite Plasmodium falciparum.
著者: Jiang, X. / Yuan, Y. / Huang, J. / Zhang, S. / Luo, S. / Wang, N. / Pu, D. / Zhao, N. / Tang, Q. / Hirata, K. / Yang, X. / Jiao, Y. / Sakata-Kato, T. / Wu, J.W. / Yan, C. / Kato, N. / Yin, H. / Yan, N.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexose transporter 1
B: Hexose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6014
ポリマ－112,9372
非ポリマー6652
水00
1
A: Hexose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8012
ポリマ－56,4681
非ポリマー3321
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hexose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8012
ポリマ－56,4681
非ポリマー3321
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.432, 102.432, 248.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Hexose transporter 1 / PfHT1 / Putative sugar transporter


分子量: 56468.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ht1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O97467
#2: 化合物 ChemComp-F00 / (2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-4-undec-10-enoxy-oxane-2,3,5-triol


分子量: 332.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.1 M NH4Cl, 0.1 M Na3Citrate pH 5.2, 28% PEG500MME

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 14879 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 82.38 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / Num. unique obs: 2116 / CC1/2: 0.869

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZW9

4zw9


解像度: 3.7→19.959 Å / SU ML: 0.81 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3823 1477 10.05 %
Rwork0.3367 --
obs0.3412 14692 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 330.56 Å2 / Biso mean: 113.99 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→19.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6757 0 46 0 6803
Biso mean--93.98 --
残基数----895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7149491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1552364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.7002-3.81880.42721390.41721174100
3.8188-3.95430.45821290.39761172100
3.9543-4.11130.40471360.39991172100
4.1113-4.29660.43751500.40211158100
4.2966-4.52070.43311230.38931190100
4.5207-4.80020.41411190.371199100
4.8002-5.16490.41581360.34691200100
5.1649-5.67380.41821410.35971182100
5.6738-6.47020.41491420.34561203100
6.4702-8.06140.38951210.33021260100
8.0614-19.9590.2561410.2253130599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.3925 Å / Origin y: -74.6374 Å / Origin z: 0.0634 Å
111213212223313233
T0.9569 Å2-0.4877 Å20.1532 Å2-0.6934 Å20.1228 Å2--0.5998 Å2
L0.349 °20.04 °2-0.1439 °2-1.8845 °2-1.3212 °2--1.5781 °2
S-0.0912 Å °-0.2296 Å °0.1938 Å °-0.5409 Å °0.2472 Å °-0.0726 Å °-0.2412 Å °0.0136 Å °0.0268 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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