PDB-6m1w: Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m1w

タイトル

Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase

要素

(Amidohydrolase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / Hydroxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Hibi, M. / Mikami, B. / Ogawa, J.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes.
著者: Hibi, M. / Fukuda, D. / Kenchu, C. / Nojiri, M. / Hara, R. / Takeuchi, M. / Aburaya, S. / Aoki, W. / Mizutani, K. / Yasohara, Y. / Ueda, M. / Mikami, B. / Takahashi, S. / Ogawa, J.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m1w.cif.gz	353.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m1w.ent.gz	249.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m1w_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m1w_full_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示
XML形式データ	6m1w_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	6m1w_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/6m1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/6m1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m2iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m2i-1 3l84-1 1jqb-d 3fpl-1 3jv7-d 1ped-d 1ea0-1 5xvt-1 2cg2-1 5i51-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amidohydrolase

B: Amidohydrolase

ヘテロ分子

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidohydrolase

B: Amidohydrolase

ヘテロ分子

A: Amidohydrolase

B: Amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.490, 208.050, 90.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-407- CL

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Amidohydrolase 分子量: 40127.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア) 遺伝子: Rhow_000804 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A402C2V4
#2: タンパク質	Amidohydrolase 分子量: 42600.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア) 遺伝子: Rhow_000803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A402C2Q3

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5), 1 M ammonium sulfate and 12% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→45.12 Å / Num. obs: 59603 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.79 % / B_iso Wilson estimate: 45.58 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 12.04
反射シェル	解像度: 2.75→2.91 Å / 冗長度: 5.93 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 9588 / CC_1/2: 0.901 / R_rim(I) all: 0.551 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→45.12 Å / SU ML: 0.3392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9078
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1563	5 %
R_work	0.1896	29686	-
obs	0.1926	31249	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5572	0	98	66	5736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	5812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0852	7924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.4968	778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.84	0.3616	138	0.2771	2630	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.84-2.94	0.3137	140	0.2446	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.06	0.3097	140	0.232	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.2	0.3006	142	0.2192	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.36	0.2808	141	0.2058	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.57	0.2409	141	0.2007	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.85	0.2409	141	0.1796	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.85-4.24	0.2292	142	0.1689	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.85	0.2331	143	0.1477	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.85-6.11	0.2273	145	0.1741	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
6.11-45.12	0.2146	150	0.1858	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.431353659	0.069157554875	-1.00135536355	1.49771925386	-0.233656414779	4.86707556749	0.0305882613838	-0.00598208120037	0.10482276155	0.0435243380745	0.201907503099	-0.0737025495242	-0.255701235886	0.0343928942396	-0.2232124305	0.241262276473	-0.109828968117	-0.0181463637395	0.329275538628	-0.02655447307	0.192466390536	27.7386989958	49.922694573	22.4916595843
2	0.300945240836	-1.01378265854	-0.705492822027	3.60542530305	2.07224813232	2.19095118114	-0.0917951023902	-0.75620282084	-0.0736674208188	0.921538672739	0.0500771424227	-0.0347449419268	0.428048341834	0.0165927703982	0.0254461603102	0.647193368928	-0.103522499086	-0.000322997659845	0.95518935685	0.0858456707336	0.309415523387	18.8437836216	43.8655018413	37.4042248864
3	3.50766259785	2.24846839294	2.36953635106	5.38223155915	1.19682988789	1.62777265964	0.0211011084045	0.0760858720926	-0.308191846862	-0.143553992451	0.219399112967	-0.456369236692	-0.0170901296393	0.453363912849	-0.207076841021	0.319436613628	-0.010387088249	0.0825161368266	0.479865247755	0.0341821281202	0.424215659468	33.3322827449	35.7251763032	23.2209117376
4	3.9556233751	0.373812732696	-1.99337840554	1.07639447208	-0.379097321188	2.29485748956	-0.0406846179094	-0.0953779792346	-0.0226617127478	-0.00024358168962	0.167512452347	-0.239841418855	-0.0607873381876	0.145571435117	-0.104466640597	0.371544740427	-0.144209143373	-0.0372258965752	0.335563694373	-0.00841686140329	0.202104400805	27.7507219152	46.8364115666	20.5556953347
5	2.01212047779	0.746054184508	0.332037323888	1.22053374094	0.333382926953	1.23465775552	-0.0117403426827	-0.225989979683	0.185917105388	0.10304491425	-0.107089419293	-0.00707907636804	-0.473670597229	0.295094160158	0.121209684997	0.400169730573	-0.119218874858	0.000220464020265	0.282732685831	0.00503016502771	0.141920507515	19.0382445125	53.3419594534	22.8178184804
6	1.57310365329	-0.0641239151138	0.113490293534	1.10562998259	0.175981814139	1.20809116561	-0.0544939564149	0.224474882839	-0.143227322151	-0.172707438625	0.02753240806	0.0878928881986	-0.198229070465	-0.0853495052351	0.032457344208	0.316317289279	-0.0283234027071	0.0136988940311	0.253353376842	-0.0394632008086	0.162783349641	10.6798322043	44.0328848731	12.1989807815
7	1.75478379764	-1.35822132861	0.292150843539	1.75602502986	0.269405618056	1.55599030711	0.118269494733	0.321738914979	-0.101249933809	-0.125395702932	-0.101036866922	0.0969325510038	-0.129566074542	-0.429957107434	0.0300613007533	0.509231266558	0.0331567704633	-0.025228059728	0.762581861799	-0.218985759755	0.247262184401	0.875809522468	43.3324410255	-2.79581242563
8	1.60146294859	0.197194772941	-0.489807660201	0.0981469368234	0.210390773461	1.15671344844	-0.029761018704	0.685310879983	-0.267440669412	-0.317801116373	-0.06144930858	-0.0136442084402	-0.279903044477	-0.175756885837	0.0765203984769	0.442726450564	-0.0776872634727	0.0556981949882	0.544106289481	-0.143070077816	0.27277889082	17.3509207476	44.4110601249	-1.25857171268
9	1.18636597041	-0.578124096314	-0.372970029303	2.19680948765	-0.357734422744	2.50854087912	0.0293192032299	0.514125845105	-0.00146328314717	-0.34747530577	0.0287463131454	-0.521593924908	-0.431728917278	0.314221992472	-0.0510001268236	0.41114980186	-0.18095356852	0.0817801146926	0.545594267967	-0.0512045461256	0.298070575868	30.2284319434	46.2283505119	2.65727878787
10	0.801407470992	0.62942884066	0.212131182226	2.04174358724	-0.161745800091	1.50353339709	0.175139597321	0.100251209937	-0.253490280039	0.0588051013301	-0.274703519681	0.369033627208	0.0578476779714	-0.317224185218	0.277207999014	0.664777970432	-0.108334032418	0.112391971798	1.00225706244	-0.648218664262	1.02172902431	-11.8951606982	14.7443124643	-6.2154599312
11	2.14654008898	0.403442319048	0.767981159393	3.08694876519	1.56058018051	0.9579115383	-0.155976176451	0.429737289708	-0.608415694755	-0.439081013177	0.131345648213	0.174971542487	0.0481116089441	-0.384650953484	0.0418026350925	0.422869137153	-0.031031670233	0.00293070149445	0.689514782234	-0.233585546956	0.671558988082	-20.7660941567	23.9053876543	12.9821894985
12	0.262332490432	-0.164136317636	0.525811840105	0.558075536214	0.0884676822346	1.42755394037	-0.0214200380896	0.112046534628	-0.0855483869411	-0.260413844582	-0.115962454741	0.346820878926	0.072167484271	-0.41287329328	0.257671325855	0.744267471979	-0.159179247537	-0.111727200116	1.12491871557	-0.63661866364	0.929665304784	-13.6234431995	18.9257572914	-13.3167745082
13	0.240299862084	0.156472048377	0.453164916894	1.30279286559	2.96066915991	6.84187561018	0.0187813741657	0.209553795666	-0.163493332778	-0.135122748698	-0.167831183842	0.24434945514	-0.278843418653	-0.243894556588	0.162002667655	0.460535211938	-0.0639511104332	0.0778357661192	0.58232247636	-0.434711973963	1.26358948324	-15.344926048	17.2208921207	9.01009856241
14	0.398107436357	-0.176809152574	-0.112256400411	0.495171060544	0.215308742304	0.459776065388	-0.203140990529	0.524092037263	-0.923149813579	-0.113918423535	-0.00726966510096	0.11824104198	0.108889878578	-0.138471882728	0.0683540048942	0.444699589817	-0.0844340853152	0.141101225202	0.400088856228	-0.416087147961	0.959942680448	4.45426510492	21.0528030972	5.21344752386
15	0.160603895314	-0.00797525640514	-0.141585216141	0.444199459136	0.198169689939	0.723378774964	0.0234287353263	0.135702570975	-0.109017660364	-0.307688466927	-0.0761660996136	0.0464437824151	-0.13163806833	-0.022610586628	-0.0360500122451	0.635860712321	-0.0593067221751	0.120041512472	1.09467429563	-0.781604253813	0.970853159912	1.33241731926	22.0931977176	-12.0432168514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 274 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 275 through 291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 292 through 339 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 340 through 380 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 10 through 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 36 through 86 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 105 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 106 through 141 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 142 through 328 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 329 through 375 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 87分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 87分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 87分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)