PDB-3l84: High resolution crystal structure of transketolase from Campyloba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l84

タイトル

High resolution crystal structure of transketolase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase / tkt / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution crystal structure of transketolase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
著者: Nocek, B. / Makowska-Grzysa, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	3m34-1 5i51-1 6jml-2 3m6l-1 1itz-2 6m1w-1 6bb1-2 5xt0-1 5xvt-1 3m7i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp90564

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.493, 71.181, 69.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-920- HOH
2	1	A-953- HOH
3	1	A-1230- HOH

詳細

likely dimer

#1: タンパク質	Transketolase 分子量: 70148.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: subsp. jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: tkt, Cj1645 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q0P7Y3, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tacsimate, Hepes, 10 % 5000 PEGMMe, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→40 Å / Num. all: 128010 / Num. obs: 127117 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.8
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6289 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.36→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.52 / SU ML: 0.028 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15171	6369	5 %	RANDOM
R_work	0.13167	-	-	-
all	0.1327	128010	-	-
obs	0.13268	120713	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.444 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4901	0	16	737	5654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.964	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	8639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.794	5	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.987	25.294	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.242	15	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.81	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	1.5	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.248	1.5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.393	2	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.447	3	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.88	4.5	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.356→1.391 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	433	-
R_work	0.219	8673	-
obs	-	-	96.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1027	1.9514	4.9501	7.2283	-3.3684	6.3434	0.2631	-0.2316	-0.7305	-0.1143	-0.018	-0.2364	0.3579	-0.3295	-0.2451	0.1049	-0.0329	-0.0333	0.0895	-0.0365	0.1677	31.4773	10.3728	-15.6556
2	0.6941	0.4683	-0.0503	1.1929	0.2999	0.4303	-0.0276	0.1227	-0.1094	-0.1309	0.0396	-0.0052	-0.0108	-0.0321	-0.012	0.0726	0.0047	-0.0158	0.0803	-0.0286	0.0647	40.4493	24.3575	-18.523
3	0.5425	-0.0339	-0.3361	0.7661	0.1598	1.1647	0.0558	0.0243	-0.0751	-0.0213	-0.0589	0.0338	0.0466	-0.1234	0.0031	0.058	-0.0241	-0.021	0.0666	-0.0074	0.1053	33.0502	20.3952	-1.5116
4	0.565	0.2285	-0.2459	0.1531	-0.1083	0.6399	0.0186	0.0507	-0.0278	-0.013	-0.0077	0.05	-0.0021	-0.0403	-0.0109	0.0661	0.0009	-0.0098	0.0742	-0.0122	0.084	38.3593	31.399	-7.8157
5	1.0188	0.3684	-0.4775	0.5251	-0.7009	1.4053	0.0196	-0.0124	-0.1332	-0.0112	-0.018	0.0312	0.0162	-0.0743	-0.0016	0.0667	-0.0225	-0.002	0.0618	0.0071	0.0965	45.3668	24.2671	7.6742
6	0.5899	0.1191	0.1544	0.1637	0.0779	0.1403	0.0498	0.0247	-0.2058	-0.0148	-0.0185	-0.0089	0.0425	0.0083	-0.0312	0.0714	-0.0021	-0.017	0.0382	-0.0094	0.1345	55.6101	16.1802	-4.0331
7	1.9332	1.4706	-0.0966	2.0332	0.4106	7.121	0.0392	-0.0157	-0.24	-0.0353	-0.0329	0.0472	0.3117	-0.1919	-0.0063	0.0905	-0.0114	-0.0355	0.0366	-0.0311	0.1989	40.683	6.6687	-8.2856
8	0.4864	0.0911	0.133	0.5753	-0.335	2.5724	0.0852	0.0947	-0.2215	-0.0934	0.0061	-0.0449	0.1855	0.001	-0.0913	0.0701	0.0033	-0.0111	0.0508	-0.0418	0.1511	48.8037	13.4358	-11.7922
9	6.1466	2.0216	2.0293	1.7542	1.3912	2.9219	-0.163	0.4634	-0.1898	-0.3343	0.1802	-0.1037	-0.0796	0.0475	-0.0172	0.1062	0.0008	0.0022	0.1112	-0.0611	0.0443	41.6149	23.5083	-28.2705
10	1.2482	0.3582	-0.9637	0.6311	-0.2198	3.0888	0.0009	0.2007	-0.1181	-0.0602	-0.0116	0.15	0.1177	-0.3877	0.0107	0.0847	-0.0078	-0.0269	0.1496	-0.0395	0.0849	27.5204	22.7375	-17.2247
11	2.1667	1.3628	1.1763	1.159	0.4731	7.2192	0.0477	-0.0551	-0.0584	0.0277	-0.0502	0.0512	0.1498	-0.0412	0.0025	0.049	-0.026	0.0125	0.077	0.0069	0.0972	27.33	20.7699	12.3615
12	2.4785	3.0106	1.0751	4.3142	0.5751	1.4429	0.0739	-0.2476	0.3098	0.0567	-0.1989	0.4385	-0.0374	-0.1359	0.125	0.0877	-0.042	0.0162	0.1459	-0.0114	0.1315	36.9574	34.6723	21.6412
13	2.9724	0.162	-0.9577	1.1427	-0.1966	1.6392	0.0057	-0.1016	0.014	0.0713	0.0287	0.0363	-0.0677	-0.004	-0.0344	0.0837	-0.0205	0.0205	0.1373	-0.0163	0.0067	54.9675	47.5394	30.1197
14	3.4368	1.6636	0.2642	1.0179	0.4158	0.7188	0.1583	-0.2649	-0.1024	0.1667	-0.1237	-0.0166	0.0448	-0.0628	-0.0346	0.0951	-0.0368	0.0198	0.124	0.0126	0.0513	55.9455	39.1852	25.3342
15	0.6298	0.0774	0.1165	0.3055	0.1208	0.3432	0.0516	-0.0765	-0.0746	0.0408	-0.0389	0.0156	0.0211	-0.0279	-0.0126	0.0665	-0.0211	0.0037	0.0737	0.0136	0.0688	56.532	32.5401	12.6714
16	0.3712	0.0439	0.0302	0.1586	-0.0275	0.2373	0.0516	-0.0694	0.0071	0.015	-0.0304	-0.0058	0.0139	-0.01	-0.0212	0.0752	-0.0222	0.0109	0.0824	-0.0018	0.053	63.3443	46.0026	12.9289
17	2.5569	0.7921	0.8802	0.5878	0.3626	1.6437	0.1106	-0.1117	-0.1589	0.0488	-0.0296	-0.0202	-0.016	-0.0095	-0.081	0.0757	-0.0216	0.0143	0.077	-0.0019	0.0498	59.7058	45.2435	16.3927
18	2.2393	0.2021	0.9611	0.9652	-0.2957	2.0839	0.083	-0.2788	0.2286	0.106	0.0055	0.1187	-0.0636	-0.1131	-0.0884	0.0753	-0.0135	0.049	0.0885	-0.0521	0.0698	57.8212	60.7562	21.8612
19	2.0593	0.2266	0.0575	1.3713	0.0701	0.974	0.044	-0.1269	0.3755	0.0164	0.0208	0.035	-0.1389	0.027	-0.0648	0.0838	-0.0234	0.0462	0.0491	-0.0385	0.0965	63.7463	65.3827	15.6009
20	0.7673	-0.3388	0.1762	0.7315	-0.0057	0.3455	0.0427	-0.0136	0.1332	0.0085	-0.0511	-0.0811	-0.0405	0.0219	0.0084	0.0753	-0.0252	0.0236	0.0625	-0.0046	0.0738	75.2471	57.2668	10.5908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	107 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	216 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	226 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	254 - 274
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	275 - 294
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	295 - 313
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	314 - 326
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	327 - 337
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	338 - 356
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	357 - 439
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	440 - 487
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	488 - 502
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	503 - 521
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	522 - 580
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	581 - 632

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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