PDB-5xvt: Crystal Structure of Transketolase in complex with hydroxylated T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xvt

タイトル

Crystal Structure of Transketolase in complex with hydroxylated TPP from Pichia Stipitis, crystal 2

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Li, T.L. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Mesomeric Effect of Thiazolium on non-Kekule Diradicals in Pichia stipitis Transketolase.
著者: Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Lin, K.H. / Chang, C.F. / Lyu, S.Y. / Hsu, L.J. / Liu, Y.C. / Chang, C.Y. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2017年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xvt.cif.gz	284.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xvt.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xryC 5xs6C 5xsaC 5xsbC 5xsmC 5xtlC 5xtvC 5xufC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xt0-1 1tkc-d 1gpu-d 5xqk-1 5i51-1 3kom-d 5xps-1 5xsb-1 5xuf-1 1trk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

76.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
153 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.220, 185.340, 99.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-829- HOH
2	1	A-850- HOH
3	1	A-1238- HOH
4	1	A-1537- HOH
5	1	A-1580- HOH
6	1	A-1654- HOH
7	1	A-1686- HOH

#1: タンパク質	Transketolase / TK 分子量: 75054.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-8FL / 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate 分子量: 442.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₈P₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.85→30 Å / Num. obs: 805990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 0.85→0.9 Å / R_merge(I) obs: 0.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データスケーリング

精密化

解像度: 0.85→27.676 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1385	39851	4.95 %
R_work	0.1325	-	-
obs	0.1328	805570	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→27.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5130	0	77	896	6103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5366
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.315	7293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.722	1968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.295	815
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.85-0.8596	0.2868	1320	0.2832	25224	X-RAY DIFFRACTION	99
0.8596-0.8698	0.2721	1341	0.2659	25371	X-RAY DIFFRACTION	100
0.8698-0.8804	0.2528	1429	0.2499	25388	X-RAY DIFFRACTION	100
0.8804-0.8915	0.2532	1282	0.2387	25362	X-RAY DIFFRACTION	100
0.8915-0.9032	0.2187	1413	0.2263	25363	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9032-0.9156	0.216	1352	0.2129	25319	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9156-0.9287	0.1965	1267	0.1961	25536	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9287-0.9426	0.1945	1363	0.1877	25401	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9426-0.9573	0.1844	1241	0.1694	25472	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9573-0.973	0.1635	1281	0.1565	25554	X-RAY DIFFRACTION	100
0.973-0.9898	0.1481	1289	0.1402	25415	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9898-1.0078	0.1401	1260	0.1295	25498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0078-1.0271	0.1259	1324	0.1169	25506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0271-1.0481	0.1172	1377	0.1091	25369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0481-1.0709	0.1071	1288	0.0994	25534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0709-1.0958	0.1016	1312	0.0925	25486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0958-1.1232	0.0948	1308	0.0877	25553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1232-1.1536	0.0924	1318	0.0842	25459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1536-1.1875	0.0937	1284	0.0832	25565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1875-1.2259	0.0931	1289	0.0857	25509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2259-1.2697	0.0961	1258	0.0875	25608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2697-1.3205	0.0987	1297	0.0914	25599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3205-1.3806	0.1038	1332	0.097	25532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3806-1.4534	0.1046	1352	0.0984	25529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4534-1.5444	0.1047	1431	0.0989	25553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5444-1.6637	0.1173	1365	0.1095	25600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6637-1.8311	0.133	1332	0.1272	25679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8311-2.096	0.1414	1370	0.1343	25717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.6404	0.1537	1399	0.1469	25830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6404-27.6907	0.1539	1377	0.1555	26188	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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