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- PDB-5i51: Crystal Structure of Transketolase mutant-R356L complex with fruc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i51 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Transketolase mutant-R356L complex with fructose-6-phoaphate from Pichia Stipitis | ||||||
![]() | Transketolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / transketolase / fructose-6-phosphate / thiamine diphosphate | ||||||
Function / homology | ![]() transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, T.L. / Hsu, L.J. / Hsu, N.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and biochemical interrogation on transketolase from Pichia stipitis for new functionality Authors: Hsu, L.J. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Wu, C.J. / Li, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 274.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 217.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5hgxC ![]() 5hjeC ![]() 5hyvC ![]() 5i4iC ![]() 5i5eC ![]() 5i5gC ![]() 1gpuS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 75010.414 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R356L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: CBS 6054 / Gene: TKT, TKT1, PICST_67105 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 556 molecules ![](data/chem/img/TPP.gif)
![](data/chem/img/F6R.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/F6R.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-TPP / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-F6R / | ||
#4: Chemical | ChemComp-CA / | ||
#5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: MES, NaCl, PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Feb 10, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→30 Å / Num. obs: 134744 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 13.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/av σ(I): 29.27 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1GPU Resolution: 1.54→24.424 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.58 Å2 / Biso mean: 18.8548 Å2 / Biso min: 5.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.54→24.424 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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