[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5hyv: Crystal Structure of Transketolase with ThDP from Pichia Stipitis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hyv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Transketolase with ThDP from Pichia Stipitis | ||||||
Components | Transketolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / transketolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information purine nucleotide metabolic process / transketolase / transketolase activity / carbohydrate derivative metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.031 Å | ||||||
Authors | Li, T.L. / Hsu, L.J. / Hsu, N.S. | ||||||
Citation | Journal: Protein Eng. Des. Sel. / Year: 2016 Title: Structural and biochemical interrogation on transketolase from Pichia stipitis for new functionality Authors: Hsu, L.J. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Wu, C.J. / Li, T.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hyv.cif.gz | 425.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5hyv.ent.gz | 346.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hyv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5hgxC 5hjeC 5i4iC 5i51C 5i5eC 5i5gC 1gpuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 75054.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (fungus) Strain: CBS 6054 / Gene: TKT, TKT1, PICST_67105 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P34736, transketolase | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-TPP / | ||
#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.96 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MES, NaCl, PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.974 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.03→30 Å / Num. obs: 443954 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 10.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.147 / Net I/av σ(I): 18.787 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 3096480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GPU Resolution: 1.031→27.603 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 9.29
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.04 Å2 / Biso mean: 15.3387 Å2 / Biso min: 7.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.031→27.603 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|