PDB-3jv7: Structure of ADH-A from Rhodococcus ruber

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jv7

タイトル

Structure of ADH-A from Rhodococcus ruber

要素

ADH-A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / NUCLEOTIDE BINDING / ROSSMANN-FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus ruber (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Karabec, M. / Lyskowski, A. / Gruber, K.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2010
タイトル: Structural insights into substrate specificity and solvent tolerance in alcohol dehydrogenase ADH-'A' from Rhodococcus ruber DSM 44541.
著者: Karabec, M. / Lyskowski, A. / Tauber, K.C. / Steinkellner, G. / Kroutil, W. / Grogan, G. / Gruber, K.

履歴

登録	2009年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jv7.cif.gz	531.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jv7.ent.gz	436.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xaaC 1jvbS 1rjwS 2eerS 2h6eS 2hcy PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5od3-d 5o9f-d 2xaa-d 5o9d-d 6fg0-d 5o8h-d 2ejv-1 6ffz-d 6ffx-d 4cpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (10) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADH-A

B: ADH-A

C: ADH-A

D: ADH-A

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.822, 106.119, 109.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	ADH-A 分子量: 35221.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus ruber (バクテリア) / 株: DSM 44541 / 遺伝子: ADH-A / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KLT9*PLUS, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1204分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.5 詳細: 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.1M BIS-TRIS, 17% PEG-10000, pH5.5, batch crystallization, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0815 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0815 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. all: 99524 / Num. obs: 99524 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.821 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.87
反射シェル	解像度: 2→2.17 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured obs: 80219 / Num. unique all: 21640 / Num. unique obs: 21640 / R_sym value: 0.334 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EER, 1JVB, 2H6E, 1RJW, 2HCY

2hcy
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→38.453 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.875 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC/TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	4985	5.01 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.162	99493	98.4 %	-
all	-	99493	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.324 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.6 Å² / B_iso mean: 29.825 Å² / B_iso min: 8.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.482 Å²	0 Å²	-0.386 Å²
2-	-	2.786 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.695 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9892	0	232	1184	11308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	10392
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	14184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1658
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.563	3616

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.023	0.254	160	0.202	2968	3128	94
2.023-2.046	0.255	174	0.181	3184	3358	100
2.046-2.072	0.213	143	0.171	3204	3347	100
2.072-2.098	0.238	167	0.168	3168	3335	100
2.098-2.125	0.233	164	0.175	3241	3405	100
2.125-2.154	0.236	192	0.174	3132	3324	100
2.154-2.185	0.229	164	0.166	3186	3350	100
2.185-2.218	0.242	164	0.197	3173	3337	99
2.218-2.253	0.305	172	0.256	3116	3288	98
2.253-2.289	0.375	156	0.286	3104	3260	97
2.289-2.329	0.277	170	0.209	3113	3283	98
2.329-2.371	0.258	152	0.17	3220	3372	100
2.371-2.417	0.221	183	0.154	3187	3370	100
2.417-2.466	0.229	179	0.149	3155	3334	99
2.466-2.52	0.202	146	0.152	3201	3347	99
2.52-2.578	0.232	169	0.152	3179	3348	100
2.578-2.643	0.214	163	0.155	3201	3364	100
2.643-2.714	0.222	178	0.157	3173	3351	100
2.714-2.794	0.203	152	0.149	3185	3337	99
2.794-2.884	0.194	158	0.149	3182	3340	99
2.884-2.987	0.203	162	0.149	3191	3353	99
2.987-3.107	0.198	167	0.16	3135	3302	99
3.107-3.248	0.193	156	0.155	3151	3307	98
3.248-3.419	0.22	166	0.159	3132	3298	98
3.419-3.633	0.208	175	0.156	3082	3257	97
3.633-3.914	0.188	165	0.15	3049	3214	95
3.914-4.307	0.162	170	0.128	3047	3217	95
4.307-4.929	0.138	169	0.11	3089	3258	96
4.929-6.206	0.154	168	0.123	3148	3316	97
6.206-38.46	0.145	181	0.129	3212	3393	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6903	0.3305	-0.0255	1.003	0.1121	0.7014	0.0946	-0.1528	0.1381	0.1812	-0.0457	0.0215	-0.1889	0.0405	-0.0468	0.1927	-0.0324	0.0016	0.1264	-0.0308	0.1055	58.8801	15.8068	93.0304
2	0.3877	-0.0857	-0.576	1.6914	-1.2484	2.2984	0.1078	0.0349	0.0816	-0.2248	-0.0467	-0.233	0.2177	0.2218	-0.022	0.0942	0	0.0253	0.1075	0.0116	0.1208	70.667	6.1394	68.3658
3	0.7262	0.1645	-0.0353	0.2681	-0.0266	0.7017	0.0665	0.0081	0.157	0.0516	-0.0228	-0.0043	-0.1084	0.0383	-0.0246	0.1243	-0.0287	-0.0008	0.0836	-0.0063	0.1275	62.0231	12.4106	79.3187
4	0.6706	-0.1235	-0.0066	0.9921	0.2757	1.0416	0.0013	0.0636	-0.1766	-0.0718	-0.0164	0.0352	0.1677	0.0035	0.017	0.1348	-0.0042	0.019	0.0781	-0.011	0.109	56.3697	-29.4272	70.0297
5	0.7342	-0.0628	0.0523	2.3921	-0.9908	0.7647	0.0382	-0.2762	-0.0597	0.3957	0.0244	-0.2165	-0.1639	0.2969	-0.0047	0.1369	-0.0284	-0.0238	0.1443	0.0359	0.1003	66.8942	-21.3862	95.8807
6	0.7051	-0.1767	-0.1339	0.3247	0.1554	0.7795	0.0076	-0.0614	-0.165	0.0494	-0.011	0.014	0.0961	0.0337	0.0068	0.1253	-0.0013	0.0061	0.0734	0.0275	0.1129	58.5585	-26.4415	84.0347
7	1.5539	0.3447	-0.0796	1.3382	-0.3698	0.4491	0.1128	-0.6698	-0.0036	0.4935	-0.047	0.1888	-0.163	-0.1172	-0.0533	0.2848	-0.0063	0.0856	0.4261	0.0082	0.1524	33.001	-3.3856	105.5687
8	0.8646	1.2213	0.0215	2.8047	-0.9471	1.1935	0.0659	-0.1242	-0.0322	-0.2558	0.0958	0.1871	0.2785	-0.3761	-0.1929	0.1413	-0.0733	-0.0163	0.2015	0.0513	0.1654	21.1134	-21.9753	87.1329
9	0.647	0.1709	0.3121	0.7236	-0.403	0.5001	0.0469	-0.2344	-0.1221	0.1508	0.0533	0.2166	-0.0085	-0.2347	-0.095	0.1454	-0.0333	0.061	0.2506	0.0726	0.1722	29.8887	-14.6514	96.9931
10	1.0934	-0.4566	0.1986	1.0801	-0.0539	0.5634	0.147	0.38	-0.018	-0.2998	-0.136	0.108	0.0344	0.0142	0.0095	0.1575	0.0252	-0.0429	0.2493	-0.0014	0.1239	35.5834	-6.2419	55.0202
11	0.3906	-0.3628	-0.3947	1.967	-0.4472	1.1121	0.1166	0.1022	0.2066	0.1574	-0.0628	0.2854	-0.1923	-0.2732	-0.0822	0.0971	0.0235	0.0226	0.1481	0.034	0.1691	24.8529	14.0455	72.6883
12	0.7	-0.3296	-0.0507	0.6129	0.1451	0.2047	0.0906	0.2078	0.0947	-0.0682	-0.0563	0.0887	-0.046	-0.0587	-0.029	0.1174	0.0215	-0.0247	0.1848	0.043	0.1242	33.3841	5.3306	63.3647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A 1-197, 501,502	A	1 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A 198-239	A	198 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A 240-345	A	240 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B 1-197, 501,502	B	1 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B 198-239	B	198 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B 240-345	B	240 - 345
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C 1-197, 501,502	C	1 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C 198-239	C	198 - 239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C 240-345	C	240 - 345
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D 1-197, 501,502	D	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D 198-239	D	198 - 239
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D 240-345	D	240 - 345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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