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万見
- PDB-6m0w: Crystal structure of Streptococcus thermophilus Cas9 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m0w
タイトルCrystal structure of Streptococcus thermophilus Cas9 in complex with the AGAA PAM
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9 1
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
  • RNA (72-MER)
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / CRISPR / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease ...Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, H. / Xu, X. / Wang, Y. / Chen, W. / Wang, Y. / Wu, Z. / Tang, N. / Wang, Y. / Zhao, S. ...Zhang, Y. / Zhang, H. / Xu, X. / Wang, Y. / Chen, W. / Wang, Y. / Wu, Z. / Tang, N. / Wang, Y. / Zhao, S. / Gan, J. / Ji, Q.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2020
タイトル: Catalytic-state structure and engineering of Streptococcus thermophilus Cas9
著者: Zhang, Y. / Zhang, H. / Xu, X. / Wang, Y. / Chen, W. / Wang, Y. / Wu, Z. / Tang, N. / Wang, Y. / Zhao, S. / Gan, J. / Ji, Q.
履歴
登録2020年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (72-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9619
ポリマ－163,8404
非ポリマー1225
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22190 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area55250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)321.708, 75.333, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8496.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2468.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖 RNA (72-MER)


分子量: 23227.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
#4: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9 1 / Cas9**


分子量: 129646.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMD-9 / 遺伝子: cas9-1, csn1, STER_0709 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03LF7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KCL, MgCL, BaCL2, MBP

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.755→50 Å / Num. obs: 43335 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 57.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.794 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.76-2.865.60.71240610.7940.3220.7840.73393.7
2.86-2.976.50.58842420.8930.2460.6390.7498.4
2.97-3.116.90.41143510.9580.1680.4440.738100
3.11-3.276.80.25943340.9830.1070.2810.765100
3.27-3.486.50.19943480.9680.0850.2160.786100
3.48-3.756.90.14643690.9920.060.1580.813100
3.75-4.1270.10443720.9910.0420.1120.839100
4.12-4.726.60.0843720.9960.0340.0870.862100
4.72-5.9470.0743930.9970.0280.0760.839100
5.94-506.40.04844930.9980.020.0520.80299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5axw

5axw


解像度: 2.76→48.874 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 2200 5.08 %
Rwork0.2196 --
obs0.2217 43301 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.03 Å2 / Biso mean: 65.2093 Å2 / Biso min: 36.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→48.874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8247 2247 5 19 10518
Biso mean--79.11 50.66 -
残基数----1140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81715205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7146310
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.76-2.81510.34211270.3464233990
2.8151-2.88050.3651220.3429247497
2.8805-2.95260.35811450.3225253298
2.9526-3.03240.35161490.29472565100
3.0324-3.12160.33891470.27912572100
3.1216-3.22230.29981450.26612559100
3.2223-3.33750.29031390.2472575100
3.3375-3.47110.26661250.24832569100
3.4711-3.6290.28431360.2292580100
3.629-3.82020.26321290.21122617100
3.8202-4.05950.28421260.20082584100
4.0595-4.37270.25371290.19462627100
4.3727-4.81240.23231310.17812592100
4.8124-5.5080.19541640.18672616100
5.508-6.93630.23961480.20342614100
6.9363-48.8740.21561380.19062686100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.5379 Å / Origin y: 12.3075 Å / Origin z: 146.1941 Å
111213212223313233
T0.4811 Å20.0459 Å20.0237 Å2-0.4398 Å2-0.0374 Å2--0.4994 Å2
L0.9373 °20.1888 °20.4948 °2-0.5444 °2-0.0111 °2--1.3838 °2
S-0.0072 Å °0.0282 Å °-0.0814 Å °-0.0599 Å °0.0542 Å °0.0662 Å °-0.0045 Å °-0.1755 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 70
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 28
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 1121
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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