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- PDB-6lz7: Tetrameric structure of ZmCRY1a PHR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lz7
タイトルTetrameric structure of ZmCRY1a PHR domain
要素Cryptochrome-1
キーワードPLANT PROTEIN / Cryptochrome / photoreceptor / photosignaling
機能・相同性
機能・相同性情報


: / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / nucleobase-containing compound metabolic process / response to stress / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 ...Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-1 / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59936165826 Å
データ登録者Shao, K. / Zhang, X. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The oligomeric structures of plant cryptochromes.
著者: Kai Shao / Xue Zhang / Xu Li / Yahui Hao / Xiaowei Huang / Miaolian Ma / Minhua Zhang / Fang Yu / Hongtao Liu / Peng Zhang /
要旨: Cryptochromes (CRYs) are a group of evolutionarily conserved flavoproteins found in many organisms. In plants, the well-studied CRY photoreceptor, activated by blue light, plays essential roles in ...Cryptochromes (CRYs) are a group of evolutionarily conserved flavoproteins found in many organisms. In plants, the well-studied CRY photoreceptor, activated by blue light, plays essential roles in plant growth and development. However, the mechanism of activation remains largely unknown. Here, we determined the oligomeric structures of the blue-light-perceiving PHR domain of Zea mays CRY1 and an Arabidopsis CRY2 constitutively active mutant. The structures form dimers and tetramers whose functional importance is examined in vitro and in vivo with Arabidopsis CRY2. Structure-based analysis suggests that blue light may be perceived by CRY to cause conformational changes, whose precise nature remains to be determined, leading to oligomerization that is essential for downstream signaling. This photoactivation mechanism may be widely used by plant CRYs. Our study reveals a molecular mechanism of plant CRY activation and also paves the way for design of CRY as a more efficient optical switch.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5852
ポリマ－57,7991
非ポリマー7861
水00
1
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子

A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子

A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子

A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,3398
ポリマ－231,1974
非ポリマー3,1424
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area16440 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area79350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.023, 154.023, 141.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1


分子量: 57799.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100384475, ZEAMMB73_Zm00001d016915
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A1D6HB66, UniProt: A0A1D6HB67*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 0.2M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.599→30.61 Å / Num. obs: 15933 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 63.1281446645 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.599→3.728 Å / Num. unique obs: 596 / CC1/2: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U3C

1u3c


解像度: 3.59936165826→30.6012670848 Å / SU ML: 0.455975310619 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33792184465 / 位相誤差: 26.6927274577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273492457464 1600 10.0420510889 %
Rwork0.231943314541 14333 -
obs0.236119008145 15933 73.4544281038 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.7565723716 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59936165826→30.6012670848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4048 0 0 0 4048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01513560786644180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.698297590495709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075576237465586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013173039157733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.10232220392427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5994-3.71530.337681968241500.332352090181442X-RAY DIFFRACTION25.1148545176
3.7153-3.84790.3576600931111000.323166781897907X-RAY DIFFRACTION50.6030150754
3.8479-4.00160.3479013697091050.285506545064944X-RAY DIFFRACTION53.3570701933
4.0016-4.18330.2491301974811070.265167414816959X-RAY DIFFRACTION54.1391569325
4.1833-4.40330.28777671831100.257745695548996X-RAY DIFFRACTION56.1991869919
4.4033-4.67830.279464325371470.22857528711288X-RAY DIFFRACTION73.0279898219
4.6783-5.0380.2574398655811960.2205617184841751X-RAY DIFFRACTION98.9832231825
5.038-5.54230.2976525841381970.2337025917041777X-RAY DIFFRACTION99.8987854251
5.5423-6.33810.2967118582212030.2450422581161769X-RAY DIFFRACTION99.8481012658
6.3381-7.9620.2682260492291900.2322129273781765X-RAY DIFFRACTION99.3394308943
7.962-30.60120.2169376499441950.1693983189571735X-RAY DIFFRACTION97.1313537997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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