+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zne | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | MaeB PTA domain R535E mutant | |||||||||
![]() | Malate dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / malic enzyme | |||||||||
Function / homology | ![]() malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / acyltransferase activity / NAD binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lovering, A.L. / Harding, C.J. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: A rotary mechanism for allostery in bacterial hybrid malic enzymes. Authors: Harding, C.J. / Cadby, I.T. / Moynihan, P.J. / Lovering, A.L. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 385.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 316 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 485.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 516.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 67.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zn4C ![]() 6zn7C ![]() 6zn9C ![]() 6zngC ![]() 6znjC ![]() 6znkC ![]() 6znrC ![]() 6zntC ![]() 6znuC ![]() 1td9S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 39528.477 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: R535E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / Gene: mdh, Bd1833 / Variant: R535E / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q6MM15, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M Hepes pH 7.5 0.1M Magnesium Chloride 10% PEG 400 15% PEG smear medium 5% propan-2-ol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→97.603 Å / Num. obs: 96539 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.5 Å / Num. unique obs: 4863 / CC1/2: 0.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TD9 Resolution: 2.393→69.657 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.89 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.41 Å2 / Biso mean: 75.4813 Å2 / Biso min: 44.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.393→69.657 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|