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- PDB-6lyc: Crystal structure of the NOD SIRPa complex with D4-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyc
タイトルCrystal structure of the NOD SIRPa complex with D4-2
要素
  • D4-2
  • SIRPa of the NOD mouse strain
キーワードCELL ADHESION / complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETIC ACID
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Murata, Y. / Matsuda, M. / Nakagawa, A. / Matozaki, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H04032 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)18cm0106308h003 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)19cm0106308h004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101072 (support number 1143) 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101072 日本
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Macrocyclic Peptide-Mediated Blockade of the CD47-SIRP alpha Interaction as a Potential Cancer Immunotherapy.
著者: Hazama, D. / Yin, Y. / Murata, Y. / Matsuda, M. / Okamoto, T. / Tanaka, D. / Terasaka, N. / Zhao, J. / Sakamoto, M. / Kakuchi, Y. / Saito, Y. / Kotani, T. / Nishimura, Y. / Nakagawa, A. / Suga, H. / Matozaki, T.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / software / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / refine / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free_error / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_chi_squared / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIRPa of the NOD mouse strain
B: D4-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2313
ポリマ－15,1712
非ポリマー601
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.967, 30.721, 43.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 SIRPa of the NOD mouse strain


分子量: 13355.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド D4-2


分子量: 1815.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.67 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.09 M NaF, 0.09 M NaBr, 0.09 M NaI, 12.5% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol), 12.5% PEG1000, and 12.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日
詳細: Double Mirrors, Si(111) double crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→40.82 Å / Num. obs: 22244 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.36→1.44 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808データ削減
autoPROCsnapshot_20181127データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YZ1

2yz1


解像度: 1.36→28.75 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.13
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1068 4.82 %random
Rwork0.204 ---
obs0.204 22158 94.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数978 0 7 70 1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1191473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.420.33291310.31222653X-RAY DIFFRACTION96
1.42-1.50.30341190.2852659X-RAY DIFFRACTION97
1.5-1.590.30051480.26292647X-RAY DIFFRACTION96
1.59-1.720.29151230.26492654X-RAY DIFFRACTION95
1.72-1.890.28951320.24972547X-RAY DIFFRACTION92
1.89-2.160.23451350.21682528X-RAY DIFFRACTION92
2.16-2.720.22911330.22082697X-RAY DIFFRACTION96
2.72-28.750.18451470.17472705X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.9643 Å / Origin y: -13.3855 Å / Origin z: -10.7054 Å
111213212223313233
T0.1817 Å20.0032 Å20.0066 Å2-0.2229 Å20.0622 Å2--0.2794 Å2
L3.0711 °2-0.6565 °20.1787 °2-2.8527 °21.178 °2--3.6714 °2
S-0.0624 Å °-0.1153 Å °-0.047 Å °0.0055 Å °0.1102 Å °-0.014 Å °0.058 Å °0.1977 Å °-0.0334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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