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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lwu | ||||||
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タイトル | Complex of Gynuella sunshinyii GH46 chitosanase GsCsn46A E19A with chitopentaose | ||||||
要素 | chitosanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / chitosanase / glucoside hydrolase / GH46 | ||||||
機能・相同性 | Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / chitosanase activity / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily / carbohydrate metabolic process / extracellular region / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Chitosanase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gynuella sunshinyii YC6258 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.419 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, Z. / Wang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Complex of Gynuella sunshinyii GH46 chitosanase GsCsn46A E19A with chitopentaose 著者: Qin, Z. / Wang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lwu.cif.gz | 63.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lwu.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lwu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lwu_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lwu_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lwu_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lwu_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4oltS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27057.549 Da / 分子数: 1 / 変異: E42A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gynuella sunshinyii YC6258 (バクテリア) 遺伝子: YC6258_05941 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C5VFC0 | ||||
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#2: 多糖 | 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2- ...2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 10%PEG 8000, 8% (v/v) glycol,2% (w/v) chitopentaose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.419→50 Å / Num. obs: 11676 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.811 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OLT 解像度: 2.419→45.81 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 30.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.43 Å2 / Biso mean: 35.8523 Å2 / Biso min: 17.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.419→45.81 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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