PDB-4p32: Crystal structure of E. coli LptB in complex with ADP-magnesium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p32

タイトル

Crystal structure of E. coli LptB in complex with ADP-magnesium

要素

Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

キーワード

HYDROLASE / ABC transporter / nucleotide-binding domain / ATPase / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI081059	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM066174	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094263	米国
Harvard University		米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Decoupling catalytic activity from biological function of the ATPase that powers lipopolysaccharide transport.
著者: Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.

履歴

登録	2014年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p32.cif.gz	201.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p32.ent.gz	160.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p31SC 4p33C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pz6-4 1ot7-1 5y1j-d 6h2i-2 3lum-3 4ore-d 3u70-d 6ikk-1 7cgd-4 4p31-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	191.900, 36.020, 64.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.160, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB 分子量: 27940.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptB, yhbG, b3201, JW3168 / プラスミド: pET22/42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A9V1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月29日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.544→95.396 Å / Num. obs: 63324 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P31

4p31

解像度: 1.55→31.799 Å / FOM work R set: 0.8709 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2176	3170	5.01 %	Random selection
R_work	0.1976	60147	-	-
obs	0.1986	63317	98.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.025 Å² / k_sol: 0.427 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.13 Å² / B_iso mean: 29.75 Å² / B_iso min: 9.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5344 Å²	0 Å²	-1.5384 Å²
2-	-	1.7332 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8012 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→31.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3612	0	56	168	3836
B_iso mean	-	-	25.88	32.8	-
残基数	-	-	-	-	464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.572	1458

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5731	0.3432	140	0.3251	2278	2418	86
1.5731-1.5977	0.3289	144	0.3115	2416	2560	95
1.5977-1.6239	0.318	120	0.2984	2630	2750	99
1.6239-1.6519	0.291	138	0.265	2638	2776	99
1.6519-1.6819	0.2584	164	0.2489	2616	2780	100
1.6819-1.7143	0.261	123	0.2276	2665	2788	100
1.7143-1.7493	0.2367	134	0.2169	2625	2759	100
1.7493-1.7873	0.2391	131	0.2013	2643	2774	100
1.7873-1.8289	0.2399	120	0.196	2646	2766	100
1.8289-1.8746	0.2067	132	0.186	2630	2762	100
1.8746-1.9253	0.2225	137	0.1869	2655	2792	100
1.9253-1.9819	0.2373	145	0.1809	2648	2793	100
1.9819-2.0459	0.2408	149	0.1874	2634	2783	100
2.0459-2.119	0.1957	142	0.1792	2664	2806	100
2.119-2.2038	0.2405	119	0.1853	2647	2766	100
2.2038-2.3041	0.2	124	0.1869	2702	2826	100
2.3041-2.4255	0.2358	134	0.1947	2653	2787	100
2.4255-2.5774	0.224	142	0.1995	2679	2821	100
2.5774-2.7763	0.2222	136	0.2005	2669	2805	100
2.7763-3.0555	0.2493	145	0.2081	2655	2800	99
3.0555-3.4972	0.1922	149	0.1868	2660	2809	100
3.4972-4.4042	0.1896	168	0.167	2621	2789	98
4.4042-31.8053	0.1955	134	0.2148	2473	2607	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2002	0.0613	-0.1997	0.0233	-0.0707	0.2592	0.1187	0.0809	0.0493	-0.0713	-0.0266	0.1879	-0.0718	-0.3938	0.056	0.187	0.0851	-0.008	0.525	-0.0919	0.2411	47.1606	29.0339	15.7923
2	0.5246	0.0109	0.4551	0.0784	-0.1338	0.6815	0.1078	0.0482	-0.0515	-0.0585	0.0234	0.0888	0.0618	-0.4708	0.0211	0.1731	0.0332	-0.0401	0.3723	-0.0281	0.1783	54.2516	23.6404	17.1932
3	0.5515	0.1443	0.2766	0.4085	-0.1549	0.3831	0.0468	-0.148	-0.1191	-0.0692	-0.1255	0.1686	-0.0542	-0.1957	0.0209	0.1512	0.0354	-0.0425	0.2201	-0.0266	0.1671	65.5152	26.8008	22.8095
4	0.3416	0.26	0.0823	0.3126	-0.0416	0.6011	0.0353	-0.0909	-0.1308	0.143	-0.0674	-0.2005	-0.0257	-0.1085	0.0015	0.1253	-0.0063	-0.0065	0.0941	0.009	0.16	77.9229	20.2528	27.2621
5	0.4715	0.0925	-0.0106	0.4867	0.0262	0.5584	0.0463	0.0898	-0.0292	-0.1499	-0.02	-0.1098	-0.1437	-0.0014	-0.004	0.1633	0.0088	-0.0104	0.1355	0.0047	0.1381	78.4656	28.6835	19.5903
6	0.6112	-0.1009	0.3036	0.4876	0.4609	0.9165	0.0493	0.5584	-0.0807	-0.2774	-0.1095	0.0476	-0.1808	0.1205	0.0266	0.2026	0.0614	-0.0234	0.3672	-0.0306	0.1545	70.4126	28.0936	9.5497
7	0.7014	-0.3047	0.1624	0.306	-0.0722	0.0778	-0.1016	0.688	0.4345	-0.2629	0.0686	-0.2741	-0.2065	-0.3534	0.0104	0.1996	0.1104	-0.0481	0.5742	0.0156	0.0924	57.3069	32.2426	4.2658
8	0.0803	0.0099	0.1055	0.0852	-0.043	0.1802	0.0561	0.1397	0.0617	-0.0687	0.0665	-0.0385	0.0622	0.1094	0.0341	0.1239	0.0158	-0.2733	0.8946	0.2158	-0.0436	51.532	37.1521	-3.4975
9	0.3072	-0.0906	-0.0198	0.0627	0.1346	0.3081	-0.0038	-0.0303	0.0561	0.0694	0.0726	0.1049	0.08	0.0095	-0.0223	0.1579	-0.0098	0.0267	0.1383	0.0498	0.181	88.1556	32.7382	45.8448
10	0.8017	-0.2022	-0.035	0.115	0.1156	0.4932	0.0531	-0.0709	0.1867	0.0703	-0.0301	-0.0273	-0.082	0.0385	-0.0251	0.1453	-0.0021	0.0256	0.1145	0.0024	0.1528	83.047	34.7059	48.0011
11	0.916	0.3493	0.3033	0.4174	0.3336	0.3027	0.1315	0.0961	-0.0715	0.0862	-0.0413	-0.0289	0.0756	0.0575	-0.0407	0.1525	-0.0053	0.0046	0.1483	0.0151	0.1458	87.1758	22.916	42.2574
12	0.3802	0.3077	-0.2569	0.856	0.5929	1.4464	-0.0348	0.1105	-0.0787	-0.0739	-0.0367	-0.1576	0.1744	-0.359	0.0352	0.1302	0.0189	0.0027	0.1809	-0.0001	0.1742	73.0883	28.1942	40.951
13	0.2913	-0.0955	0.0528	0.121	0.1395	0.3992	0.1131	-0.1397	-0.1799	0.0217	-0.1973	0.2583	-0.1295	-0.4468	0.0585	0.1733	-0.101	0.0104	0.5401	-0.031	0.2005	60.0659	19.4778	38.8644
14	0.4413	-0.3491	0.1117	0.4483	0.0335	0.4433	-0.0077	-0.0993	-0.0669	-0.0127	-0.1323	0.2805	-0.1709	-0.296	0.0588	0.1877	0.01	-0.0046	0.5474	-0.119	0.2691	60.0867	28.9134	41.2489
15	0.3443	0.0463	0.258	0.1689	-0.0802	0.5873	-0.0598	-0.3194	0.1131	0.0968	0.0664	0.1301	0.011	-0.6381	-0.0568	0.1626	0.0038	0.0519	0.3556	0.0105	0.2232	66.4077	29.1954	52.7959
16	1.3897	-0.4294	0.072	0.6605	0.4678	0.602	-0.0465	-0.4188	0.2835	0.3138	0.0139	0.1006	-0.3264	-0.1348	0.0241	0.2795	0.0028	0.0365	0.2478	-0.039	0.2057	77.5178	37.684	56.9042
17	0.691	0.3603	-0.0183	1.0041	0.3428	0.1599	0.2939	-0.5401	-0.0154	0.4838	-0.0543	-0.0942	0.0802	0.1647	-0.0667	0.3504	-0.0759	0.0031	0.5869	-0.0287	0.2299	81.566	39.4755	66.3024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:24)	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 25:76)	A	25 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 77:90)	A	77 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 91:119)	A	91 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 120:156)	A	120 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 157:190)	A	157 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 191:221)	A	191 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 222:235)	A	222 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 2:14)	B	2 - 14
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 15:55)	B	15 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 56:76)	B	56 - 76
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 77:89)	B	77 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 90:130)	B	90 - 130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 131:156)	B	131 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 157:190)	B	157 - 190
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 191:217)	B	191 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 218:231)	B	218 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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