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- PDB-6lvn: Structure of the 2019-nCoV HR2 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lvn
タイトルStructure of the 2019-nCoV HR2 Domain
要素Spike protein S2'
キーワードVIRAL PROTEIN / 2019-nCoV / HR2 domain / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / host cell surface / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Lectin pathway of complement activation / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / structural constituent of virion / Induction of Cell-Cell Fusion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / host cell surface / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Lectin pathway of complement activation / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / structural constituent of virion / Induction of Cell-Cell Fusion / positive regulation of viral entry into host cell / Initial triggering of complement / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Zhu, Y. / Sun, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HR2 domain of 2019-nCoV S2 subunit
著者: Zhu, Y. / Sun, F.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S2'
B: Spike protein S2'
C: Spike protein S2'
D: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0464
ポリマ－16,0464
非ポリマー00
水39622
1
A: Spike protein S2'
C: Spike protein S2'

B: Spike protein S2'
D: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0464
ポリマ－16,0464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area5670 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.195, 49.729, 89.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Spike protein S2' / Spike protein S2


分子量: 4011.470 Da / 分子数: 4 / 断片: HR2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.469→26.894 Å / Num. obs: 4862 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1324 / Net I/σ(I): 19.06
反射 シェル解像度: 2.47→2.558 Å / Num. unique obs: 456 / CC1/2: 0.939

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WYY

1wyy


解像度: 2.47→25.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 --
Rwork0.2148 --
obs-4862 99.26 %
原子変位パラメータBiso mean: 38.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→25.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 0 22 1078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00451052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72631416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7333672
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90350.0203-0.82220.3116-0.8207-0.0340.01870.2239-0.1741-0.2627-0.0740.33570.1329-0.0070.00120.29020.0031-0.03780.2319-0.03660.246610.596732.917328.9788
20.12570.88270.80110.22220.39790.22150.2256-0.2823-0.05370.347-0.2752-0.13520.05640.013900.23070.01830.020.262-0.02340.28925.285437.546861.3536
30.0338-0.3453-0.30590.024-0.45140.6601-0.0711-0.26-0.1189-0.1480.1617-0.01260.05410.06420.00020.2857-0.0445-0.01160.2438-0.05530.246716.106428.771940.3969
41.21470.09691.04660.71260.76221.54440.3677-0.12340.31790.65411.17660.5614-0.2469-0.37690.47080.2677-0.02220.18940.5010.15220.5372-0.296145.496634.2446
50.28950.06940.00340.2373-0.25361.0068-0.02060.3528-0.05190.39810.22290.10580.0946-0.27140.02320.2999-0.01470.03360.2176-0.01760.271-0.39230.007951.4449
61.33530.3081.47750.33470.42361.81050.17320.08320.4272-1.03240.1259-0.40640.1102-0.43441.36510.31510.02230.12380.4072-0.00760.506816.481848.646352.0183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 35 )A2 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 36 )B2 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 3 through 26 )C3 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 27 through 35 )C27 - 35
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 2 through 26 )D2 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 27 through 35 )D27 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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