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- PDB-6cum: Crystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of a prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cum
タイトルCrystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of a protein annotated as an LAO/AO transport system ATPase but likely MeaB and MMAA-like GTPase from Mycobacterium smegmatis
要素LAO/AO transport system ATPase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / proteolytic fragment / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの / transferase activity / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
LAO/AO transport system ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Ab initio structure solution of a proteolytic fragment using ARCIMBOLDO.
著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAO/AO transport system ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7913
ポリマ－32,6671
非ポリマー1242
水1,33374
1
A: LAO/AO transport system ATPase
ヘテロ分子

A: LAO/AO transport system ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5836
ポリマ－65,3342
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.530, 48.530, 54.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 LAO/AO transport system ATPase


分子量: 32667.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_4869 / プラスミド: MysmA.00200.a.A1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0R1T8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition G7: 15% PEG 3350, 100mM succinic acid / NaOH pH 7.0: MysmA.00200.a.A1.PS00535 at 60.5mg/ml: cryo: 25% EG: tray: 215267 G7: puck DZB0-10: no protease was intentionally added

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.622 Å / Num. obs: 10171 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.624 % / Biso Wilson estimate: 22.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 24.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.644.6810.4682.757620.9370.52799.7
1.64-1.694.6390.3283.857170.9830.3799.9
1.69-1.744.6680.2864.326960.9850.32299.9
1.74-1.794.720.2215.297000.9880.249100
1.79-1.854.710.186.766450.9920.20299.4
1.85-1.914.6640.1527.796420.9960.17299.4
1.91-1.984.7440.09412.666130.9970.10699.2
1.98-2.074.6740.07515.686010.9980.08599.8
2.07-2.164.690.05322.235810.9980.059100
2.16-2.264.5060.0428.55510.9990.04599.3
2.26-2.394.4890.04130.715090.9990.04695.9
2.39-2.534.6470.03237.384960.9990.03599.2
2.53-2.74.6370.02742.244800.9990.03100
2.7-2.924.6090.02547.74350.9990.028100
2.92-3.24.4570.02353.264050.9990.02698.8
3.2-3.584.4440.0260.043780.9990.02299.2
3.58-4.134.6140.01868.273320.9990.0299.7
4.13-5.064.5970.01967.962830.9990.02198.3
5.06-7.164.5070.01862.82250.9990.0297
7.16-19.6223.9920.01866.081200.9990.02181.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3063)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Arcimboldo位相決定
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x 10-residue helices via Acrimboldo

解像度: 1.6→19.622 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 979 9.69 %
Rwork0.1744 --
obs0.1774 10103 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.11 Å2 / Biso mean: 32.4202 Å2 / Biso min: 18.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数384 0 8 75 467
Biso mean--40.63 44.79 -
残基数----51
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6001-1.68440.27151390.24311288142799
1.6844-1.78990.27751470.21631278142599
1.7899-1.92790.23671620.20631257141999
1.9279-2.12170.22591140.1761304141899
2.1217-2.42830.19991440.17291292143698
2.4283-3.05750.22671470.163713211468100
3.0575-19.62330.17671260.16531384151098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5794-0.65981.68864.4519-1.86365.58070.08540.12390.2140.04-0.3349-0.6668-0.22610.60670.31520.2-0.05460.04460.21610.0090.208925.135218.73170.009
24.4414-2.2477-0.05033.2082-0.22223.7180.04650.1424-0.0722-0.0579-0.0810.1543-0.0031-0.22990.04230.1894-0.0133-0.01180.1925-0.00210.14930.931723.19330.4422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 240 through 262 )A240 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 263 through 290 )A263 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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