[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5vj9: Guanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer from Pseudomonas aeruginosa -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vj9 | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Guanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer from Pseudomonas aeruginosa | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / Kissing stem-loop / hairpin / dimer / guanidine | Function / homology | GUANIDINE / : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) | ![]() Biological species | ![]() ![]() Method | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Reiss, C.W. / Strobel, S.A. | Funding support | | ![]()
![]() ![]() Title: Structural basis for ligand binding to the guanidine-II riboswitch. Authors: Reiss, C.W. / Strobel, S.A. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 56.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 39.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 436.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-RNA chain , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: RNA chain | Mass: 5167.151 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 292 molecules ![](data/chem/img/GAI.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GAI / #3: Chemical | ChemComp-SPM / #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Chemical | ChemComp-K / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.87 % / Description: Crystals grew as rectangular prisms |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: microbatch / pH: 5 Details: 40% MPD, 50 mM Na-acetate, pH 5.0, 12 mM NaCl, 80 mM KCl, and 12 mM spermine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9193 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→40 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 361260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.27 Å2 / Biso mean: 30.604 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.57→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.571→1.612 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|