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- PDB-6lry: Crystal structure of human endothelin ETB receptor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lry
タイトルCrystal structure of human endothelin ETB receptor in complex with sarafotoxin S6b
要素
  • Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B
  • Sarafotoxin-B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helical / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / neuroblast migration / chordate pharynx development / endothelin receptor activity / endothelin B receptor binding / aldosterone metabolic process / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / neuroblast migration / chordate pharynx development / endothelin receptor activity / endothelin B receptor binding / aldosterone metabolic process / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / positive regulation of penile erection / heparin proteoglycan metabolic process / posterior midgut development / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / developmental pigmentation / response to sodium phosphate / renal sodium excretion / enteric nervous system development / renal sodium ion absorption / protein transmembrane transport / renin secretion into blood stream / renal albumin absorption / melanocyte differentiation / vasoconstriction / regulation of pH / peripheral nervous system development / type 1 angiotensin receptor binding / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of endothelial barrier / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / negative regulation of protein metabolic process / response to pain / macrophage chemotaxis / peptide hormone binding / canonical Wnt signaling pathway / regulation of vasoconstriction / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of heart rate / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / hormone activity / calcium ion transmembrane transport / vasodilation / intracellular calcium ion homeostasis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / toxin activity / nuclear membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / gene expression / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Endolysin T4 type ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Sarafotoxin / Endothelin receptor type B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
Atractaspis engaddensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Izume, T. / Miyauchi, H. / Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06294 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of human endothelin ETBreceptor in complex with sarafotoxin S6b.
著者: Izume, T. / Miyauchi, H. / Shihoya, W. / Nureki, O.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B
B: Sarafotoxin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3232
ポリマ－59,3232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.120, 82.280, 166.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B / ET-BR / Endothelin receptor non-selective type / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 56751.574 Da / 分子数: 1
変異: R124Y,D154A,K270A,C1052T,C1095A,S342A,I381A,C396A,C400A,C405A
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of Endothelin receptor type B inserted with Endolysin between residues 303 and 311.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
遺伝子: EDNRB, ETRB, e, RB59_126 / プラスミド: modified pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24530, UniProt: A0A097J809, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Sarafotoxin-B / sarafotoxin S6b


分子量: 2570.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Atractaspis engaddensis (ヘビ) / 参照: UniProt: P13208
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 / 詳細: PEG 600, Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.3 Å / Num. obs: 17494 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.06
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.545

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IGK

6igk


解像度: 3→49.297 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 845 4.84 %
Rwork0.2698 16623 -
obs0.2714 17468 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 191.94 Å2 / Biso mean: 100.0878 Å2 / Biso min: 49.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3881 0 0 0 3881
残基数----489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.0001-3.1880.421320.39252727
3.188-3.43410.37571310.33712739
3.4341-3.77960.33881340.28232735
3.7796-4.32620.26281450.25482738
4.3262-5.44950.30541430.25272779
5.4495-49.2970.27741600.24712905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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