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- PDB-6lgy: Crystal structure of a cysteine-pair mutant (P10C-S291C) of a bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lgy
タイトルCrystal structure of a cysteine-pair mutant (P10C-S291C) of a bacterial bile acid transporter in an inward-facing state complexed with glycine and sodium
要素Transporter, sodium/bile acid symporter family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bile acid transporter / ASBT / NTCP / SLC10
機能・相同性Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / membrane / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / GLYCINE / Ketopantoate/pantoate/pantothenate transporter PanS
機能・相同性情報
生物種Yersinia frederiksenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.247 Å
データ登録者Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770783 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Substrate binding in the bile acid transporter ASBT Yf from Yersinia frederiksenii.
著者: Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter, sodium/bile acid symporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2806
ポリマ－33,3881
非ポリマー8925
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.469, 185.578, 75.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transporter, sodium/bile acid symporter family


分子量: 33387.898 Da / 分子数: 1 / 変異: P10C, S291C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia frederiksenii (バクテリア)
遺伝子: NCTC11470_02445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380PV03

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-A6L / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / monoolein / モノオレイン


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5
詳細: 0.05 M Na2SO4, 0.05 M Li2SO4, 0.05 M Tris-HCl pH 8.5, 35% PEG 400, 0.8 mM CHAPSO, with 100 mM glycine pH 7.3 soaking

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.247→38.066 Å / Num. obs: 15449 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 36.58 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 78877
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.247-2.2855.30.91941027760.4490.4481.0291.999.1
6.09-38.06650.03340228090.9990.0160.03731.593.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LGV

6lgv


解像度: 2.247→34.8 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 733 4.75 %
Rwork0.2073 14695 -
obs0.209 15428 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.99 Å2 / Biso mean: 45.0129 Å2 / Biso min: 28.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.247→34.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 60 47 2443
Biso mean--69.96 50.1 -
残基数----311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.247-2.420.3021600.2187288699
2.42-2.66350.25041290.2158294299
2.6635-3.04870.24471590.2057289599
3.0487-3.84020.24021520.2012296499
3.8402-34.80.22791330.2072300896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7348-0.0409-0.33367.7316-1.9942.0852-0.1842-0.26070.46481.0840.48610.2149-0.3293-0.5108-0.20510.5175-0.03490.05840.5241-0.08950.434-13.3109-19.95613.5707
21.8411-0.42130.60812.2005-0.66511.77330.0662-0.2273-0.2456-0.0094-0.06050.45790.2892-0.3737-0.03840.2745-0.03640.02690.3685-0.03350.4044-17.5892-30.84471.0781
31.81160.6979-0.1721.3470.05211.1184-0.0876-0.0221-0.0995-0.01770.1145-0.0528-0.014-0.0302-0.0420.37450.02730.02070.3579-0.01950.33320.5279-23.2924-5.0174
43.6165-2.1877-0.25992.85980.27170.97150.22950.35210.4085-0.3798-0.2273-0.02870.0635-0.1772-0.02890.4840.0196-0.01410.43290.01820.3985-10.4748-29.9207-12.8164
51.2442-2.1821.77384.3526-2.89362.96910.1647-0.15860.2605-0.3817-0.3133-0.05470.49740.0790.10360.347-0.04160.03430.4203-0.03380.4712-18.3413-21.04661.8542
61.01090.24990.39791.3006-0.00870.76720.00370.0277-0.05330.11830.056-0.13960.0269-0.0448-0.01160.36720.0270.01140.3805-0.00130.33191.9673-26.27092.9419
71.09350.26430.71273.62770.31471.70680.0303-0.14430.1446-0.1043-0.1643-0.1222-0.2773-0.15560.15750.42610.00840.03490.37750.00720.3806-0.5313-18.82668.8728
8222222-1.32992.0422-0.48392.68946.9753-10.5641-4.190913.4792-5.66320.4654-0.0449-0.14790.9847-0.41480.6325-8.853-26.7041.7969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 22 )A-4 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 48 )A23 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 144 )A49 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 178 )A145 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 179 through 208 )A179 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 209 through 273 )A209 - 273
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 274 through 306 )A274 - 306
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 401 through 401 )A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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