PDB-6len: Structure of NS11 bound FEM1C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6len

タイトル

Structure of NS11 bound FEM1C

要素

Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / ubiquitination E3 ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ubiquitin ligase complex / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.383 Å

データ登録者

Chen, x. / Liao, S. / Xu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for arginine C-terminal degron recognition by Cul2 FEM1 E3 ligase.
著者: Chen, X. / Liao, S. / Makaros, Y. / Guo, Q. / Zhu, Z. / Krizelman, R. / Dahan, K. / Tu, X. / Yao, X. / Koren, I. / Xu, C.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6len.cif.gz	160.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6len.ent.gz	122.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6len.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6len_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6len_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	6len_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	6len_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6len ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6len	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lbfSC 6lbgC 6lbnC 6ldpC 6le6C 6leyC 6lf0C 7cngC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ley-1 6ldp-1 7jya-1 6le6-2 6lbn-2 7jya-2 6lbn-1 4y7m-1 6le6-1 6ldp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide

B: Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.727, 96.508, 146.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein fem-1 homolog C,NS11 peptide / FEM1c / FEM1-gamma 分子量: 45900.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: FEM1C fused with NS11 peptide, linked with linker residues GGGSGGGSGGGSGGGS. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1C, KIAA1785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JP0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Tris pH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→80.652 Å / Num. obs: 54996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.38→2.51 Å / Num. unique obs: 5405 / CC_1/2: 0.823

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LBF

6lbf

解像度: 2.383→80.652 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	2718	4.94 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2006	54996	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.47 Å² / B_iso mean: 63.4071 Å² / B_iso min: 33.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.383→80.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5722	0	0	215	5937
B_iso mean	-	-	-	54.7	-
残基数	-	-	-	-	765

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.383-2.4261	0.3498	147	0.2974	2686	100
2.4261-2.4728	0.3592	149	0.2727	2750	100
2.4728-2.5233	0.2663	167	0.2669	2653	100
2.5233-2.5781	0.2894	154	0.2574	2709	100
2.5781-2.6381	0.2823	142	0.2366	2710	100
2.6381-2.7041	0.2859	149	0.2352	2731	100
2.7041-2.7772	0.2934	126	0.2367	2746	100
2.7772-2.8589	0.2878	149	0.2271	2709	100
2.8589-2.9512	0.2808	146	0.2134	2727	100
2.9512-3.0567	0.2725	154	0.2218	2721	100
3.0567-3.1791	0.2655	120	0.2143	2762	100
3.1791-3.3238	0.2894	173	0.2212	2721	100
3.3238-3.499	0.237	128	0.2124	2759	100
3.499-3.7182	0.2102	118	0.1858	2788	100
3.7182-4.0053	0.2166	153	0.1798	2762	100
4.0053-4.4084	0.2089	130	0.1687	2780	100
4.4084-5.0462	0.2183	120	0.1746	2824	100
5.0462-6.3573	0.1996	135	0.2031	2833	100
6.3573-80.652	0.189	158	0.1743	2907	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)