+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6le2 | ||||||
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Title | Structure of D-carbamoylase mutant from Nitratireductor indicus | ||||||
Components | N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / carbamoylase / hydantoinse process / D-amino acid / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Nitratireductor indicus C115 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | ||||||
Authors | Ni, Y. / Liu, Y.F. / Xu, G.C. / Dai, W. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020 Title: Structure-Guided Engineering of D-Carbamoylase Reveals a Key Loop at Substrate Entrance Tunnel Authors: Liu, Y. / Xu, G. / Zhou, J. / Ni, J. / Zhang, L. / Hou, X. / Yin, D. / Rao, Y. / Zhao, Y.L. / Ni, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6le2.cif.gz | 319.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6le2.ent.gz | 216.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6le2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6le2_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6le2_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | 6le2_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6le2_validation.cif.gz | 36.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6le2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6le2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6lcgC 6ledC 6leiC 1fo6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35495.086 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D187N,A200N,S207A,R211G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nitratireductor indicus C115 (bacteria) Gene: NA8A_19058 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: K2NMS4 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: PEG 4000, Sodium phosphate pH 6.5, Sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: BRUKER SMART 6500 / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→47.66 Å / Num. obs: 39298 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 38.2 % / Biso Wilson estimate: 46.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 23.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.2 Å / Redundancy: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 2.364 / Num. unique obs: 39380 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FO6 Resolution: 2.14→47.66 Å / SU ML: 0.2812 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.1861
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.14→47.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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