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万見
- PDB-6lbg: Structure of OR51B2 bound FEM1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbg
タイトルStructure of OR51B2 bound FEM1C
要素Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitination / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


Expression and translocation of olfactory receptors / olfactory receptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / G protein-coupled receptor activity / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...Expression and translocation of olfactory receptors / olfactory receptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / G protein-coupled receptor activity / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Olfactory receptor / : / Olfactory receptor / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Olfactory receptor / : / Olfactory receptor / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein fem-1 homolog C / Olfactory receptor 51B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Chen, X. / Liao, S. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for arginine C-terminal degron recognition by Cul2 FEM1 E3 ligase.
著者: Chen, X. / Liao, S. / Makaros, Y. / Guo, Q. / Zhu, Z. / Krizelman, R. / Dahan, K. / Tu, X. / Yao, X. / Koren, I. / Xu, C.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.32021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2
A: Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9818
ポリマ－91,4052
非ポリマー5766
水1,49583
1
B: Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9904
ポリマ－45,7021
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
2
A: Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9904
ポリマ－45,7021
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.918, 97.690, 146.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein fem-1 homolog C,Peptide from Olfactory receptor 51B2 / FEM1c / FEM1-gamma / OR51B2 peptide


分子量: 45702.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FEM1C fused with OR51B2 peptide, linked with linker residues GGGSGGGSGGGSGGGS.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1C, KIAA1785, OR51B2, OR51B1P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JP0, UniProt: Q9Y5P1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, 0.8M Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→87.89 Å / Num. obs: 43610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.886

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LBF

6lbf


解像度: 2.51→19.555 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 2196 5.04 %
Rwork0.1959 --
obs0.1977 43610 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.39 Å2 / Biso mean: 64.5883 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→19.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5687 0 30 83 5800
Biso mean--96.04 54.98 -
残基数----759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.51-2.580.32111150.2776255199
2.5644-2.62390.32681230.25662569100
2.6239-2.68940.29321330.25242544100
2.6894-2.76190.30551160.24242592100
2.7619-2.84290.28661320.23712553100
2.8429-2.93440.28321350.23862583100
2.9344-3.03890.2561410.22852527100
3.0389-3.16010.28681510.22282568100
3.1601-3.30320.24651260.22832576100
3.3032-3.47650.31631570.2172567100
3.4765-3.69290.21591270.18342585100
3.6929-3.97590.21141400.17312588100
3.9759-4.37190.17471440.15822620100
4.3719-4.99530.23211560.15982585100
4.9953-6.25910.21391500.19962656100
6.2591-19.5550.18011500.17552750100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01110.412-0.06031.89980.40751.00970.0620.09980.0764-0.2015-0.0003-0.1904-0.0266-0.0653-0.0750.48220.0631-0.00590.3253-0.01560.329814.53-0.25732.336
21.70780.7783-0.12861.24140.12051.14860.0363-0.15730.10910.137-0.0048-0.04520.0947-0.0285-0.04130.43290.0820.0110.33250.00380.313925.627-10.64.956
31.9786-0.8285-1.83628.35822.61912.2519-0.4283-0.1108-0.1756-0.3956-0.03060.2971-0.29370.0350.33661.0349-0.0262-0.0270.8134-0.08680.736130.768-9.7588.46
41.2535-0.15451.05413.10970.28870.9657-0.1224-0.0554-0.27430.1056-0.37630.2860.1092-0.23750.39611.2585-0.06760.2770.8260.03970.679515.4014.41527.972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 2:390 )B2 - 390
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 3:390 )A3 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 412:416 )A412 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 413:416 )B413 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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