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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l9j | |||||||||
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タイトル | Structure of yeast Snf5 and Swi3 subcomplex | |||||||||
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![]() | GENE REGULATION / Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Long, J. / Zhou, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Snf5 and Swi3 subcomplex formation is required for SWI/SNF complex function in yeast. 著者: Zhou, H. / Chen, G. / Dong, C. / Zhao, X. / Shen, Z. / Chen, F. / Liu, B. / Long, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 349.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 552.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 608.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26817.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 21603.980 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SWI3, TYE2, YJL176C, J0495 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM HEPES (pH 7.8), 230mM Li2SO4, 20%-24% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 99168 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.02 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 4909 / Rpim(I) all: 0.365 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.85 Å2 / Biso mean: 44.6544 Å2 / Biso min: 17.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.642→48.621 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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