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- PDB-6l96: Structure of PPARalpha-LBD/pemafibrate/SRC1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l96
タイトルStructure of PPARalpha-LBD/pemafibrate/SRC1 peptide
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
  • SRC1 coactivator peptide
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / lipoprotein metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / male mating behavior / NFAT protein binding / hypothalamus development / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / progesterone receptor signaling pathway / epidermis development / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / phosphatase binding / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of blood pressure / intracellular receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / hormone-mediated signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / MDM2/MDM4 family protein binding / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / negative regulation of miRNA transcription / cerebellum development / cellular response to starvation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / wound healing / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / fatty acid metabolic process / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / response to insulin / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of circadian rhythm / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P7F / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kawasaki, M. / Kambe, A. / Yamamoto, Y. / Arulmozhira, S. / Ito, S. / Nakagawa, Y. / Tokiwa, H. / Nakano, S. / Shimano, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science18K14391 日本
Japan Society for the Promotion of Science16K18688 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Elucidation of Molecular Mechanism of a Selective PPAR alpha Modulator, Pemafibrate, through Combinational Approaches of X-ray Crystallography, Thermodynamic Analysis, and First-Principle Calculations.
著者: Kawasaki, M. / Kambe, A. / Yamamoto, Y. / Arulmozhiraja, S. / Ito, S. / Nakagawa, Y. / Tokiwa, H. / Nakano, S. / Shimano, H.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
C: SRC1 coactivator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8355
ポリマ－63,8543
非ポリマー9812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.736, 82.736, 177.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A10 - 273
2010B10 - 273

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 31131.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド SRC1 coactivator peptide


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-P7F / (2~{R})-2-[3-[[1,3-benzoxazol-2-yl-[3-(4-methoxyphenoxy)propyl]amino]methyl]phenoxy]butanoic acid


分子量: 490.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2 M ammonium sulfate and 0.1M bis-tris-HCl (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.7 Å / Num. obs: 22457 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1107 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HYK

5hyk


解像度: 3.2→45.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 23.012 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25272 544 4.5 %RANDOM
Rwork0.18727 ---
obs0.19025 11627 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 72 0 4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.6565760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1931.5949524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5555514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66823.398206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.18915790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7171519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.61310.7682071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.60910.7672070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.73216.1322580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.7316.1332581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.83611.1572201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.83511.1592202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.36416.5023179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.2444819
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.2434820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8002 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 39 -
Rwork0.259 851 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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