PDB-3qyq: 1.8 Angstrom resolution crystal structure of a putative deoxyribo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qyq

タイトル

1.8 Angstrom resolution crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from Toxoplasma gondii ME49

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

キーワード

LYASE / Chemotherapy / Brain Cysts / Bradyzoite / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Ruan, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Ueno, A. / Igarashi, M. / Ngo, H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional divergence of the aldolase fold in Toxoplasma gondii.
著者: Tonkin, M.L. / Halavaty, A.S. / Ramaswamy, R. / Ruan, J. / Igarashi, M. / Ngo, H.M. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2011年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Refinement description
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.4	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qyq.cif.gz	459.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qyq.ent.gz	380.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3qyq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qyq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3qyq_validation.xml.gz	52.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d2jC 4eivC 2a4aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xdh-d 6l96-d 3h3p-d 4k6j-1 3c6b-1 4rwf-d 3gw5-d 4bgb-d 4k6j-2 4flm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90300

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

B: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

C: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

D: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

C: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

D: Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.923, 72.194, 73.048
Angle α, β, γ (deg.)	62.90, 89.80, 88.85
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Deoxyribose-phosphate aldolase, putative

分子量: 31910.422 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 6-281 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: ME49 / 遺伝子: TGME49_118750 / プラスミド: pCCK / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic
参照: UniProt: B6KPX4, UniProt: B9PVB4*PLUS, deoxyribose-phosphate aldolase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Protein at 7 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, pH=8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: 0.1 M Citric acid, pH=4.0, 0.8 M Ammonium sulfate (The AmSO4 suite, condition E1 (49)). Cryo ...詳細: Protein at 7 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, pH=8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: 0.1 M Citric acid, pH=4.0, 0.8 M Ammonium sulfate (The AmSO4 suite, condition E1 (49)). Cryo condition: 1:1 v/v 50 % sucrose:E1 condition , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277 and 287K

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein at 7 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, pH=8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: 0.1 M Citric acid, pH=4.0, 0.8 M Ammonium sulfate (The AmSO4 suite, condition E1 (49)). Cryo ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 116483 / Num. obs: 116483 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14.66
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2A4A

2a4a

解像度: 1.8→29.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.192 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	5879	5 %	RANDOM
R_work	0.16568	-	-	-
obs	0.1674	110552	97.26 %	-
all	-	110552	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	-0.87 Å²	1.07 Å²
2-	-	1.22 Å²	-0.91 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8272	0	149	927	9348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9152
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.98	12467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	15071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.481	5	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.73	23.883	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.081	15	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.177	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.034	1.5	5767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.298	1.5	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.896	2	9349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.069	3	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.102	4.5	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	384	-
R_work	0.241	7771	-
obs	-	-	92.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3698	-0.2917	-0.442	0.4573	0.5532	1.0608	0.0112	-0.0072	0.044	-0.013	-0.0155	-0.048	-0.0939	-0.0249	0.0042	0.0188	0.0067	-0.0076	0.0103	0.0114	0.0447	19.4616	78.8007	31.9444
2	0.6882	-0.3851	-0.0484	1.3431	0.0439	0.7823	-0.0492	-0.1076	0.0376	0.1827	0.0128	0.0901	0.0961	-0.1402	0.0364	0.0364	-0.0113	0.0195	0.0668	-0.0066	0.0208	6.6948	66.4736	47.5874
3	5.7987	1.0177	0.634	0.4324	-0.0739	0.2275	-0.2215	0.0007	-0.0701	-0.0799	0.1813	-0.0175	0.0449	-0.1298	0.0403	0.132	-0.0645	0.043	0.1477	0.0157	0.0856	2.2706	52.51	36.6592
4	0.568	0.1948	-0.2462	0.4798	-0.1141	0.8204	0.004	-0.0326	0.0363	0.0512	-0.018	-0.0063	0.0312	-0.0204	0.014	0.0079	-0.0029	-0.0006	0.0128	0.0092	0.0212	20.1515	66.4447	29.6742
5	0.4086	0.0025	-0.2814	0.2899	0.2514	0.589	0.0355	-0.0039	0.0391	-0.0749	-0.0131	0.0457	-0.1674	-0.0107	-0.0224	0.0587	-0.0006	0.0009	0.0108	0.0118	0.0363	46.8183	94.7057	6.1311
6	0.7597	-0.1612	-0.4212	0.6405	0.3587	0.854	-0.0398	0.0041	-0.0712	0.0901	-0.0106	0.0356	0.0443	0.0857	0.0504	0.0142	-0.0056	0.0032	0.0349	0.0267	0.0498	45.9052	77.427	15.1272
7	4.705	1.9831	0.1935	1.1345	-0.4759	2.1497	-0.1228	0.3886	-0.3015	-0.018	0.1554	-0.0676	-0.0491	0.0606	-0.0326	0.0099	-0.0066	0.0137	0.0514	-0.0121	0.0606	37.1556	68.1191	3.8259
8	0.3373	-0.3044	-0.3112	0.4516	0.0977	1.0017	0.0054	-0.0129	0.0187	-0.0631	0.0282	0.0201	-0.0401	0.0113	-0.0336	0.0392	-0.0151	-0.0187	0.018	0.0107	0.0131	54.6203	85.9415	-2.4518
9	0.5928	0.3297	0.849	0.7652	0.7619	1.6671	0.0786	-0.0042	-0.0805	0.0473	-0.0204	-0.0235	0.2126	-0.0021	-0.0581	0.0554	0.0021	-0.0139	0.0013	0.0036	0.0434	18.868	46.4631	10.7216
10	0.4254	0.1884	0.1196	0.9208	0.2619	1.0552	0.0455	0.0313	0.0196	-0.1225	-0.0595	0.0274	-0.0124	-0.0513	0.014	0.0372	0.0261	-0.0116	0.0459	0.0001	0.0251	11.7102	60.1483	-6.9006
11	7.1835	-2.0793	-0.3235	0.6238	0.0661	0.055	0.0091	-0.0162	0.011	-0.0185	-0.0119	0.0014	0.012	0.0074	0.0028	0.0213	0.0232	-0.0233	0.0633	0.0133	0.0841	8.2986	74.7061	4.7347
12	0.437	-0.056	0.0245	0.2856	-0.0741	0.9065	0.0201	0.057	-0.0036	0.0008	-0.0329	-0.0163	0.0906	-0.019	0.0128	0.0152	0.0021	-0.0098	0.0191	0.0064	0.0396	21.9732	58.7547	14.0392
13	0.3983	0.2947	0.3819	0.8568	0.7936	1.0255	0.0512	0.0144	-0.0854	0.0878	0.06	-0.0699	0.119	0.1232	-0.1112	0.0368	0.0179	-0.0178	0.031	0.0011	0.0425	56.465	66.2077	-22.0893
14	0.4583	0.0841	0.0298	0.9677	0.1505	0.5742	-0.0028	-0.0078	-0.0036	-0.0364	-0.0346	0.08	-0.0688	0.0102	0.0374	0.0403	0.0092	-0.0152	0.0095	0.0039	0.027	42.2555	75.9327	-37.5972
15	6.3164	-0.0371	-1.4402	0.6919	-0.3049	0.595	-0.2321	-0.0559	0.0395	0.093	0.161	0.0528	-0.0306	-0.0142	0.0711	0.0726	0.018	-0.0247	0.0565	0.0469	0.0861	36.2384	87.7497	-25.7052
16	0.2234	0.1494	0.5084	0.5071	0.3818	1.1747	-0.0473	0.0096	-0.0153	-0.0354	0.0722	-0.0557	-0.1052	0.0423	-0.0249	0.0372	-0.0021	0.0018	0.0254	0.0073	0.0222	55.7245	79.2075	-19.0817
17	0.1644	0.0722	1.0417	0.0349	0.4604	6.609	-0.0936	0.0264	0.0331	0.004	-0.0627	0.017	-0.2099	0.1598	0.1562	0.1825	-0.101	0.0065	0.1514	-0.0262	0.0728	57.1308	102.3282	10.5243
18	4.8441	-3.9583	1.9254	3.2347	-1.5734	0.7672	-0.1941	-0.0275	0.2387	0.1854	0.057	-0.1977	-0.0836	-0.003	0.1371	0.1028	-0.0093	0.0015	0.1493	0.0024	0.105	26.3815	81.8213	43.3237
19	56.2595	-9.2368	-0.6137	62.0709	8.4064	1.1469	-0.3033	-0.2771	-0.5943	-0.1506	0.5288	-2.0995	-0.0293	0.0715	-0.2254	0.1627	-0.0213	-0.0627	0.1242	0.0752	0.1719	19.034	67.1289	58.1939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 0
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	186 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-4 - 0
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	114 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	196 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	220 - 277
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-3 - 0
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 76
13	X-RAY DIFFRACTION	10	C	77 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	11	C	183 - 219
15	X-RAY DIFFRACTION	12	C	220 - 280
16	X-RAY DIFFRACTION	13	D	-3 - 74
17	X-RAY DIFFRACTION	14	D	75 - 182
18	X-RAY DIFFRACTION	15	D	183 - 219
19	X-RAY DIFFRACTION	16	D	220 - 280
20	X-RAY DIFFRACTION	17	B	1
21	X-RAY DIFFRACTION	18	A	2
22	X-RAY DIFFRACTION	19	A	3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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