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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k6j | ||||||
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Title | Human cohesin inhibitor WapL | ||||||
![]() | Wings apart-like protein homolog | ||||||
![]() | CELL CYCLE / heat repeats / cohesin regulator / Cell Adhesion Inhibitor / nuclear protein / protein-binding | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of cohesin loading / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of chromatin binding / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / intercellular bridge / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region ...regulation of cohesin loading / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of chromatin binding / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / intercellular bridge / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / chromosome / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Yu, H. / Ouyang, Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the human cohesin inhibitor Wapl. Authors: Ouyang, Z. / Zheng, G. / Song, J. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Rankin, S. / Yu, H. #1: Journal: Nat.Cell Biol. / Year: 2013 Title: Phosphorylation-enabled binding of SGO1-PP2A to cohesin protects sororin and centromeric cohesion during mitosis. Authors: Liu, H. / Rankin, S. / Yu, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 553.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 466.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Authors indicate that size exclusion chromatography, multi-angle light scattering, analytical ultracentrifugation indicate that WapL is monomeric in solution. |
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Components
#1: Protein | Mass: 63977.539 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Wapl C-terminal domain (UNP Residues 631-1190) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.1 Details: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.1, 10% glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.62→50 Å / Num. all: 53851 / Num. obs: 53851 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.77 Å2 / Biso mean: 52.1503 Å2 / Biso min: 7.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6205→29.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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