PDB-6l68: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-allose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l68

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-allose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l68.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l68.ent.gz	29.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l68_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l68_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6l68_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	6l68_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l67C 6l6aC 6l6bC 6l6cC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gkt-2 5ub4-2 5v3z-2 5ub6-1 5ub4-1 6l6c-1 5ub7-2 6gks-1 3ort-d 5ub3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.900, 48.900, 259.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-ALL / beta-D-allopyranose / beta-D-allose / D-allose / allose / D-ALLOPYRANOSE / β-D-アロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→19.61 Å / Num. obs: 14791 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 19.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / Num. unique obs: 1033 / CC_1/2: 0.911

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.92→19.607 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.643 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	747	5.05 %
R_work	0.1804	-	-
all	0.182	-	-
obs	-	14791	97.714 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.015 Å²	0.007 Å²	0 Å²
2-	-	0.015 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.048 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→19.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1130	0	24	60	1214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.673	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.214	1.594	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.319	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.643	22.903	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.495	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.763	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.15	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.15	931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.15	539
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.072	0.15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.228	1.717	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.22	1.713	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.924	2.557	692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.923	2.561	693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.098	2.016	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.098	2.016	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.42	2.911	910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.418	2.913	911
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.592	19.395	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.599	19.334	1189

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.92-1.969	0.219	39	0.214	994	0.214	1079	0.921	0.924	95.7368	0.164
1.969-2.023	0.288	58	0.207	951	0.211	1048	0.896	0.929	96.2786	0.165
2.023-2.081	0.198	55	0.192	899	0.192	993	0.94	0.94	96.0725	0.15
2.081-2.144	0.227	51	0.182	906	0.184	989	0.934	0.95	96.7644	0.146
2.144-2.214	0.212	51	0.182	897	0.184	978	0.951	0.952	96.9325	0.145
2.214-2.29	0.195	40	0.17	863	0.171	930	0.958	0.957	97.0968	0.137
2.29-2.375	0.217	45	0.169	822	0.172	889	0.951	0.96	97.5253	0.143
2.375-2.471	0.234	48	0.172	819	0.175	887	0.944	0.962	97.7452	0.145
2.471-2.579	0.206	37	0.175	800	0.176	852	0.961	0.96	98.2394	0.147
2.579-2.702	0.205	43	0.185	755	0.186	812	0.956	0.96	98.2759	0.155
2.702-2.846	0.161	33	0.178	727	0.177	772	0.969	0.967	98.4456	0.151
2.846-3.014	0.209	43	0.186	683	0.187	735	0.953	0.958	98.7755	0.16
3.014-3.217	0.223	31	0.187	661	0.189	698	0.954	0.958	99.1404	0.169
3.217-3.467	0.255	29	0.169	632	0.173	665	0.939	0.966	99.3985	0.157
3.467-3.786	0.16	42	0.17	570	0.169	613	0.973	0.967	99.8369	0.16
3.786-4.213	0.176	22	0.166	542	0.166	565	0.971	0.969	99.823	0.16
4.213-4.828	0.18	27	0.143	487	0.145	516	0.973	0.976	99.6124	0.145
4.828-5.826	0.247	20	0.192	421	0.194	441	0.955	0.964	100	0.187
5.826-7.897	0.288	20	0.23	359	0.233	379	0.926	0.946	100	0.207
7.897-19.607	0.219	13	0.227	255	0.227	268	0.954	0.965	100	0.236

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