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- PDB-6l55: Recombinant Tegillarca granosa ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l55
タイトルRecombinant Tegillarca granosa ferritin
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / copper / tegillarca granosa / Structural Genomics / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / Ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Tegillarca granosa (ハイガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78304866205 Å
データ登録者Jiang, Q.Q. / Su, X.R. / Ming, T.H. / Huan, H.S.
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Insights Into the Effects of Interactions With Iron and Copper Ions on Ferritin From the Blood Clam Tegillarca granosa.
著者: Ming, T.H. / Jiang, Q.Q. / Huo, C. / Huan, H.S. / Wu, Y. / Su, C. / Qiu, X. / Lu, C. / Zhou, J. / Li, Y. / Han, J. / Zhang, Z. / Su, X.R.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
I: Ferritin
J: Ferritin
K: Ferritin
L: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,80648
ポリマ－240,24512
非ポリマー1,56136
水41,6332311
1
C: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
J: Ferritin
ヘテロ分子

C: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
J: Ferritin
ヘテロ分子

D: Ferritin
E: Ferritin
H: Ferritin
I: Ferritin
ヘテロ分子

D: Ferritin
E: Ferritin
H: Ferritin
I: Ferritin
ヘテロ分子

K: Ferritin
L: Ferritin
ヘテロ分子

K: Ferritin
L: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,61296
ポリマ－480,49124
非ポリマー3,12172
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation6_544-x+1/2,-y-1/2,z-11
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation8_445x-1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area104410 Å2
ΔGint-943 kcal/mol
Surface area130060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.623, 214.905, 151.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-436-

HOH

21D-490-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 20020.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tegillarca granosa (ハイガイ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3JCC5, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 330028 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 9.09524895279 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13365 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
xia2データ削減
HKL-3000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BG7

1bg7


解像度: 1.78304866205→48.0415875624 Å / SU ML: 0.155468541151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37501343695 / 位相誤差: 25.4898395884
Rfactor反射数%反射
Rfree0.230925542471 16641 5.04661163441 %
Rwork0.203697445234 --
obs0.205079920377 329746 99.7573726055 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.94085098839 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78304866205→48.0415875624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16584 0 54 2311 18949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053844650632417064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78092745598722951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445268087932379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004591502296723040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.594522306710416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7831-1.80330.2553630734075720.18631658848310212X-RAY DIFFRACTION97.9117486835
1.8033-1.82450.2169628130565030.18013814785210426X-RAY DIFFRACTION99.8629385965
1.8245-1.84680.2133044238545860.1743595889110323X-RAY DIFFRACTION99.9358739465
1.8468-1.87020.2129308573285350.17524239383910424X-RAY DIFFRACTION99.8633132859
1.8702-1.89480.2120476392575520.18244018800810349X-RAY DIFFRACTION99.826007326
1.8948-1.92070.2169991581495920.18510958326510406X-RAY DIFFRACTION99.8728659644
1.9207-1.94820.2390422144335460.1910463352310370X-RAY DIFFRACTION99.7806215722
1.9482-1.97720.2394552038775160.18484200477210405X-RAY DIFFRACTION99.8811048107
1.9772-2.00810.2013695601145680.17476988633210406X-RAY DIFFRACTION99.8725882781
2.0081-2.04110.2163017912375060.17624514982310360X-RAY DIFFRACTION99.889685604
2.0411-2.07630.2262893858375400.17884296497210437X-RAY DIFFRACTION99.908983344
2.0763-2.1140.2152046581165640.18125812111710425X-RAY DIFFRACTION99.9363404874
2.114-2.15470.1929615326525170.18029965153310385X-RAY DIFFRACTION99.9541578803
2.1547-2.19870.2274821268425600.19043910680810449X-RAY DIFFRACTION99.9636792881
2.1987-2.24650.2195883663465440.18535266154310426X-RAY DIFFRACTION99.9180253211
2.2465-2.29870.2203999307525670.19044548501310432X-RAY DIFFRACTION99.9454793276
2.2987-2.35620.2371512578765250.19474752482210414X-RAY DIFFRACTION99.8357214566
2.3562-2.41990.232467449235360.20119185618810448X-RAY DIFFRACTION99.8999545248
2.4199-2.49110.2294180117485840.20604580333510419X-RAY DIFFRACTION99.9545784884
2.4911-2.57150.2457426501285500.21222000777610461X-RAY DIFFRACTION99.9001996008
2.5715-2.66340.2507062021065680.21219486524710408X-RAY DIFFRACTION99.945365143
2.6634-2.770.2542863164566000.23547094514810411X-RAY DIFFRACTION99.9455387129
2.77-2.89610.2700747287484700.22391125005810531X-RAY DIFFRACTION99.8819684038
2.8961-3.04880.2514859040375480.23155690026910497X-RAY DIFFRACTION99.8734062754
3.0488-3.23970.232565065195680.22539367895110480X-RAY DIFFRACTION99.945721006
3.2397-3.48980.224794119655450.21955968793210462X-RAY DIFFRACTION99.7643433336
3.4898-3.84090.2649828198325470.22611163701510602X-RAY DIFFRACTION99.9462124608
3.8409-4.39630.2302792223026150.21157302558210472X-RAY DIFFRACTION99.7391147895
4.3963-5.53760.2244918671065810.21123543970610620X-RAY DIFFRACTION99.8217627662
5.5376-48.040.1967803453116360.21187044906110645X-RAY DIFFRACTION98.0530204259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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