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- PDB-6lrv: Marsupenaeus japonicus ferritin mutant(T158H) pH9.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lrv
タイトルMarsupenaeus japonicus ferritin mutant(T158H) pH9.0
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ferroxidase / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Penaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, G. / Tan, X. / Zhang, T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730069 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972018
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Converting histidine-induced 3D protein arrays in crystals into their 3D analogues in solution by metal coordination cross-linking.
著者: Tan, X. / Chen, H. / Gu, C. / Zhang, J. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0562
ポリマ－39,0562
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Ferritin
B: Ferritin
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,66924
ポリマ－468,66924
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area90130 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area134560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.922, 117.922, 117.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19527.873 Da / 分子数: 2 / 変異: T158H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus japonicus (クルマエビ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2B7E1, ferroxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2500 mM NaCl, 100 mM KH2PO3 / KH2PO3 (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→117.92 Å / Num. obs: 24518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.588 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.3-2.3419.90.28312010.9820.0650.290.925
2.34-2.3819.70.25512070.9890.0590.2621.018
2.38-2.43190.23712100.9830.0560.2431.126
2.43-2.4818.60.24111940.9860.0570.2481.112
2.48-2.53190.22312280.9880.0530.2291.242
2.53-2.5920.30.20412240.9880.0460.2091.248
2.59-2.6620.60.19212190.990.0430.1971.393
2.66-2.7320.50.19311970.9920.0440.1981.558
2.73-2.8120.40.17212400.9920.0390.1771.503
2.81-2.920.30.15211860.9940.0350.1561.696
2.9-320.10.14412190.9940.0330.1481.82
3-3.1219.20.13512320.9950.0320.1392.02
3.12-3.2618.50.12612270.9960.030.1292.234
3.26-3.4419.80.11912100.9960.0280.1232.306
3.44-3.6520.70.10612350.9970.0240.1092.337
3.65-3.9320.30.09712410.9970.0220.12.524
3.93-4.3319.90.08412150.9980.0190.0862.165
4.33-4.9518.20.07212580.9980.0170.0741.74
4.95-6.2420.40.06212530.9990.0140.0641.052
6.24-5018.20.041132210.010.0420.676

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6a4u

6a4u


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.798 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.175
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 1299 5.3 %RANDOM
Rwork0.1876 ---
obs0.1892 23219 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.53 Å2 / Biso mean: 27.591 Å2 / Biso min: 13.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 0 95 2819
Biso mean---25.03 -
残基数----338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9583730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98735970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43525.6150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50515512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0471512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02640
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 102 -
Rwork0.177 1694 -
all-1796 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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