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万見
- PDB-6l1c: Crystal Structure Of of PHF20L1 Tudor1 Y24L mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l1c
タイトルCrystal Structure Of of PHF20L1 Tudor1 Y24L mutant
要素PHD finger protein 20-like protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PHF20L1 / Tudor / Y24L
機能・相同性
機能・相同性情報


methylation-dependent protein binding / NSL complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PHD finger protein 20-like protein 1 / PHD finger protein 20-like / Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / PhD finger domain / mbt repeat / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain ...: / PHD finger protein 20-like protein 1 / PHD finger protein 20-like / Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / PhD finger domain / mbt repeat / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 20-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Lv, M.Q. / Gao, J.
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2020
タイトル: Conformational Selection in Ligand Recognition by the First Tudor Domain of PHF20L1.
著者: Lv, M. / Gao, J. / Li, M. / Ma, R. / Li, F. / Liu, Y. / Liu, M. / Zhang, J. / Yao, X. / Wu, J. / Shi, Y. / Tang, Y. / Pan, Y. / Zhang, Z. / Ruan, K.
履歴
登録2019年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 20-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0245
ポリマ－8,6441
非ポリマー3804
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.570, 52.570, 38.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 20-like protein 1 / Plant Homeodomain (PHD) Finger Protein 20-like 1


分子量: 8643.789 Da / 分子数: 1 / 変異: Y24L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF20L1, CGI-72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8MW92
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M lithium sulfate, 0.1M Tris, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.488
反射解像度: 1.58→37.173 Å / Num. obs: 13228 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 16.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 1.582→1.623 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique obs: 956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SD4

3sd4


解像度: 1.58→37.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2302 / WRfactor Rwork: 0.1911 / FOM work R set: 0.9092 / SU B: 0.858 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.0151 / SU Rfree: 0.0145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1909 1319 9.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.1792 13228 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.94 Å2 / Biso mean: 16.575 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→37.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数596 0 21 35 652
Biso mean--51.95 32.78 -
残基数----68
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.013643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1611.648872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1131.5831320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.453569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.06519.77344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17915109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.015158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02159
LS精密化 シェル解像度: 1.582→1.623 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 102 -
Rwork0.165 956 -
all-1058 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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