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万見
- PDB-6kye: The crystal structure of recombinant human adult hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kye
タイトルThe crystal structure of recombinant human adult hemoglobin
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kihira, K. / Funaki, R. / Okamoto, W. / Endo, C. / Morita, Y. / Komatsu, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science18K19007 日本
引用ジャーナル: J Mater Chem B / 年: 2020
タイトル: Genetically engineered haemoglobin wrapped covalently with human serum albumins as an artificial O2carrier.
著者: Funaki, R. / Okamoto, W. / Endo, C. / Morita, Y. / Kihira, K. / Komatsu, T.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,55236
ポリマ－187,81812
非ポリマー7,73424
水2,504139
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,18412
ポリマ－62,6064
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,18412
ポリマ－62,6064
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,18412
ポリマ－62,6064
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.031, 55.947, 133.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15281.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16021.396 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6 / 詳細: NaCl, PEG3350, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→48.46 Å / Num. obs: 80208 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.28-2.332.91.6291256543940.3381.1161.9840.793.6
11.64-48.422.60.04516376200.9940.0320.05519.989.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.93 Å48.42 Å
Translation4.93 Å48.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DN3

2dn3


解像度: 2.28→48.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 13.67 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.267
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 4049 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.2281 76147 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.61 Å2 / Biso mean: 49.893 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-0.1 Å2
2--4.01 Å20 Å2
3----4.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13085 0 540 139 13764
Biso mean--49.46 43.19 -
残基数----1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01314053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.69819260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1411.61129822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2951704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14723.251566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32152102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9371531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022945
LS精密化 シェル解像度: 2.282→2.342 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 266 -
Rwork0.388 5447 -
all-5713 -
obs--94.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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