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- PDB-6kxm: Crystal structure of D157N mutant of Chitiniphilus shinanonensis ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kxm | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of D157N mutant of Chitiniphilus shinanonensis chitinase ChiL (CsChiL) complexed with N,N'-diacetylchitobiose | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Family 18 chitinase | ||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Chitin / Chitinase / Chitinolytic enzyme / Family 18 glycoside hydrolase (GH18) / N-acetylglucosamine (GlcNAc) / Hydrolysis / Transglycosylation / Enzyme-product complex | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Ueda, M. / Shimosaka, M. / Arai, R. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of CsChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis Authors: Ueda, M. / Sonoda, N. / Shimosaka, M. / Arai, R. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Expression, purification, crystallization and X-ray diffraction analysis of ChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis. Authors: Ueda, M. / Shimosaka, M. / Arai, R. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 166.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 127.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kxlC ![]() 6kxnC ![]() 6kstS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41386.953 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D157N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.88 % / Description: Plate-like crystal |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 97 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2015 / Details: Focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 54922 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.004 / Net I/av σ(I): 13.88 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KST Resolution: 1.95→34.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Matrix type: sparse / SU B: 8.247 / SU ML: 0.217 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.211 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.48 Å2 / Biso mean: 31.626 Å2 / Biso min: 7.09 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→34.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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