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- PDB-6kxn: Crystal structure of W50A mutant of Chitiniphilus shinanonensis c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kxn | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of W50A mutant of Chitiniphilus shinanonensis chitinase ChiL (CsChiL) complexed with N,N'-diacetylchitobiose | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Family 18 chitinase | ||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Chitin / Chitinase / Chitinolytic enzyme / Family 18 glycoside hydrolase (GH18) / N-acetylglucosamine (GlcNAc) / Hydrolysis / Transglycosylation / Enzyme-product complex | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Ueda, M. / Shimosaka, M. / Arai, R. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of CsChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis Authors: Ueda, M. / Sonoda, N. / Shimosaka, M. / Arai, R. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Expression, purification, crystallization and X-ray diffraction analysis of ChiL, a chitinase from Chitiniphilus shinanonensis. Authors: Ueda, M. / Shimosaka, M. / Arai, R. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 136.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kxlSC ![]() 6kxmC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41272.809 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W50A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 5 types, 774 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Tris-HCl, Ammonium sulfate, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2016 / Details: Focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 117599 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.981 / Net I/av σ(I): 10.51 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KXL Resolution: 1.5→31.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Matrix type: sparse / SU B: 3.266 / SU ML: 0.118 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.11 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.76 Å2 / Biso mean: 19.737 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→31.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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