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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of trypsin inhibitor 1 from Senna obtusifolia | ||||||
要素 | Trypsin inhibitor 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / trypsin inhibitor | ||||||
機能・相同性 | oxalate oxidase / oxalate oxidase activity / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Trypsin inhibitor 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Senna obtusifolia (エビスグサ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.003 Å | ||||||
データ登録者 | Liao, H. / Yu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020 タイトル: Structural and functional relationship of Cassia obtusifolia trypsin inhibitor to understand its digestive resistance against Pieris rapae. 著者: Zhou, J. / Li, C. / Chen, A. / Zhu, J. / Zou, M. / Liao, H. / Yu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kv2.cif.gz | 256.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kv2.ent.gz | 220.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kv2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kv2_validation.pdf.gz | 448.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kv2_full_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kv2_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kv2_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kv2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20921.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Senna obtusifolia (エビスグサ) / 遺伝子: TI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097P6E1*PLUS, oxalate oxidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8M Ammonium Sulphate 0.1M Bis-Tris pH5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 55444 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 33.94 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.618 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.003→47.603 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.8
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.95 Å2 / Biso mean: 39.73 Å2 / Biso min: 20.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.003→47.603 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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