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- PDB-6krr: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W210A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6krr
タイトルPeroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W210A mutant
要素Peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Himiyama, T. / Nakamura, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science19K21133 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K01815 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Disassembly of the ring-type decameric structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 by amino acid mutation.
著者: Himiyama, T. / Nakamura, T.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin
B: Peroxiredoxin
C: Peroxiredoxin
D: Peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2074
ポリマ－111,2074
非ポリマー00
水5,945330
1
A: Peroxiredoxin
B: Peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6042
ポリマ－55,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
2
C: Peroxiredoxin
D: Peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6042
ポリマ－55,6042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.496, 98.711, 194.056
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx


分子量: 27801.760 Da / 分子数: 4 / 変異: W210A,C50S,C207S,C213S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1) (好気性超好熱古細菌)
株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 103512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 5090 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E2G

2e2g


解像度: 2.15→49.404 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 --Random
Rwork0.169 ---
obs-103442 99.98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7856 0 0 330 8186
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 --
Rwork0.197 --
obs-7173 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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