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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kqu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phospholipase A2 | ||||||
要素 | Group IIE secretory phospholipase A2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phospholipase A2 (ホスホリパーゼA2) / Mutation (突然変異) / calcium (カルシウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylglycerol metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling ...Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylglycerol metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling / ホスホリパーゼA2 / phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / 炎症 / calcium ion binding / extracellular region / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, S. / Xu, T. / Liu, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2020 タイトル: Residue Asn21 acts as a switch for calcium binding to modulate the enzymatic activity of human phospholipase A2 group IIE. 著者: Hou, S. / Zhang, Y. / Xu, J. / Bai, J. / Liu, J. / Xie, J. / Xu, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kqu.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kqu.ent.gz | 29.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/6kqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/6kqu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5wzmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 13929.085 Da / 分子数: 1 / 変異: N21G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G2E / プラスミド: pGAPZaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9NZK7, ホスホリパーゼA2 |
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-非ポリマー , 6種, 161分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | ChemComp-B3P / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 % / Mosaicity: 0.85 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→18.8 Å / Num. obs: 13357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 21.1 / Num. measured all: 148885 / Scaling rejects: 284 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WZM 解像度: 2→18.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 3.356 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.78 Å2 / Biso mean: 17.841 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→18.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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