PDB-3ux7: Crystal structure of a dimeric myotoxic component of the Vipera a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ux7

タイトル

Crystal structure of a dimeric myotoxic component of the Vipera ammodytes meridionalis venom reveals determinants of myotoxicity and membrane damaging activity

要素

Ammodytin L(1) isoform

キーワード

TOXIN / Snake venom / Ser49 myotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vipera ammodytes meridionalis (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Georgieva, D. / Coronado, M. / Oberthuer, D. / Buck, F. / Duhalov, D. / Arni, R.K. / Genov, N. / Betzel, C.

引用

ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a dimeric Ser49 PLA(2)-like myotoxic component of the Vipera ammodytes meridionalis venomics reveals determinants of myotoxicity and membrane damaging activity.
著者: Georgieva, D. / Coronado, M. / Oberthur, D. / Buck, F. / Duhalov, D. / Arni, R.K. / Betzel, C.

履歴

登録	2011年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ux7.cif.gz	192.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ux7.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ux7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bk9-d 1m8s-d 1m8r-d 2qu9-d 1cl5-2 2dpz-d 4ay1-10 1jq8-2 2qhw-d 3dih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ammodytin L(1) isoform

B: Ammodytin L(1) isoform

C: Ammodytin L(1) isoform

D: Ammodytin L(1) isoform

E: Ammodytin L(1) isoform

F: Ammodytin L(1) isoform

G: Ammodytin L(1) isoform

H: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Ammodytin L(1) isoform

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.966, 47.673, 126.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ammodytin L(1) isoform 分子量: 13469.486 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vipera ammodytes meridionalis (ヘビ) / 参照: UniProt: I1SB18*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Single crystals suitable for X-ray analysis were obtained after 5 days by the hanging-drop vapour-diffusion technique, using a protein solution with concentration of 10mg/ml in water. The ...詳細: Single crystals suitable for X-ray analysis were obtained after 5 days by the hanging-drop vapour-diffusion technique, using a protein solution with concentration of 10mg/ml in water. The reservoir solution contained 25.5% PEG-4000, 0.17 M ammonium sulphate and 15% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Single crystals suitable for X-ray analysis were obtained after 5 days by the hanging-drop vapour-diffusion technique, using a protein solution with concentration of 10mg/ml in water. The ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 21213

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.97→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 15.611 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26079	972	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22439	-	-	-
obs	0.22626	17915	97.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.764 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.77 Å²	-0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	-1.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7463	0	95	90	7648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.279	1.973	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.876	5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.622	24.153	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.532	15	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.067	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.97→3.047 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	75	-
R_work	0.269	1197	-
obs	-	-	96.07 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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