ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0238精密化 HKL-2000データスケーリング HKL-20003.25 データ収集 HKL-2000データ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5J49解像度 : 3.2→49.96 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.932 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.874 / SU B : 70.4 / SU ML : 0.508 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.561 詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2928 625 4.8 % RANDOM Rwork 0.2159 - - - obs 0.2193 12483 99.03 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 111.14 Å2 / Biso mean : 51.955 Å2 / Biso min : 26.98 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.82 Å2 -0 Å2 -0 Å2 2- - 0.82 Å2 -0 Å2 3- - - -1.63 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 3.2→49.96 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4230 0 69 2 4301 Biso mean - - 97.08 56.11 - 残基数 - - - - 570
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.013 4362 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.017 4070 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.154 1.636 5920 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.324 1.57 9426 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg9.313 5 566 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.261 24.045 178 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg21.848 15 712 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.396 15 16 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.079 0.2 600 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 4787 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.003 0.02 780
LS精密化 シェル 解像度 : 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.459 41 - Rwork 0.408 893 - all - 934 - obs - - 97.9 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.0044 -0.2279 -1.206 1.6595 0.0128 1.648 0.1073 0.0961 0.0198 0.2504 -0.0044 0.5791 -0.2151 -0.495 -0.1029 0.3038 0.2363 0.0388 0.4044 -0.0253 0.226 -27.3604 7.824 -15.4636 2 1.8418 0.173 -0.5844 3.4386 0.754 2.1168 -0.1376 0.2065 -0.4862 0.0718 0.1154 0.1295 0.3971 -0.2838 0.0221 0.1803 0.0334 -0.0531 0.1419 -0.0788 0.187 -6.2443 -19.194 -24.0138
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 289 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 289