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- PDB-6km8: Crystal Structure of Momordica charantia 7S globulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6km8
タイトルCrystal Structure of Momordica charantia 7S globulin
要素7S globulin
キーワードPLANT PROTEIN / 7S globulin bi-cupin fold / Glycosylated / Copper-ion
機能・相同性Jelly Rolls / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Kesari, P. / Pratap, S. / Dhankhar, P. / Dalal, V. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural characterization and in-silico analysis of Momordica charantia 7S globulin for stability and ACE inhibition.
著者: Kesari, P. / Pratap, S. / Dhankhar, P. / Dalal, V. / Mishra, M. / Singh, P.K. / Chauhan, H. / Kumar, P.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7S globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1193
ポリマ－42,9961
非ポリマー1232
水1267
1
A: 7S globulin
ヘテロ分子

A: 7S globulin
ヘテロ分子

A: 7S globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3579
ポリマ－128,9893
非ポリマー3686
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area14790 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.765, 90.765, 68.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 7S globulin


分子量: 42996.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→50 Å / Num. obs: 5314 / % possible obs: 89.52 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.17
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 397 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 66.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E1R

5e1r


解像度: 3.099→45.383 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 251 4.73 %
Rwork0.1908 --
obs0.1952 5306 89.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.91 Å2 / Biso mean: 53.54 Å2 / Biso min: 12.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.099→45.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2741 0 5 7 2753
Biso mean--44.62 29.97 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5033779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.281041
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3231 111 -
Rwork0.2143 2208 -
obs--79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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